Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003723`

染色体: Chr02 坐标: 58841428-58843379 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003723`
名称	SmilChr02G003723
描述	cysteine-rich receptor-like protein kinase 25
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	58841428 - 58843379 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009806`
GeneID	`131009806`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009806`
原始查询	`SmilChr02G003723`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cysteine-rich receptor-like protein kinase 25
产物	cysteine-rich receptor-like protein kinase 25
Arabidopsis	`AT4G05200` (CRK25) cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825868] identity=37.2; qcov=1.18; evalue=2.42e-76; confidence=medium
Rice	`Os07g0537500` - identity=32.8; qcov=1.19; evalue=4.9e-53; confidence=low
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF01657 (Stress-antifung); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009806

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057793197.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793197.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793197.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793197.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793197.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:58841439`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C18
`Chr2:58841439`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C18
`Chr2:58841929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B126,B139,B30,B74
`Chr2:58841934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:58842691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,C6
`Chr2:58842828`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C54
`Chr2:58842828`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C54
`Chr2:58842834`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C21
`Chr2:58842834`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C21
`Chr2:58842837`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C54
`Chr2:58842837`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C54
`Chr2:58842843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793197.1

360 aa

180

360

Stress-antifung

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF01657 Stress-antifung 25-100 aa PF01657 Stress-antifung 104-186 aa PF00069 Pkinase 270-353 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 272-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793197.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	25	100	3.7e-25	89.2	Salt stress response/antifungal
`XP_057793197.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	104	186	3.7e-25	89.2	Salt stress response/antifungal
`XP_057793197.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	270	353	1.3e-11	45.1	Protein kinase domain
`XP_057793197.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	272	353	2.7e-14	53.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937214.1
ATGGGCATTAAAACATGGGTGATCTTCATCTCTCTCACAACCACAGCAAGCTCCCAATACTCAGGCCATTCATGCTCCACCACCGGCAACTACACCCGAGAAAGCCTTTACAGAGCCGACCTCAACGCCCTCCTCGCCTCCCTCTCCTCTACCAACGCCACCTTCTACAACGCCTCCGCCGGCCAAGCCAACGCCGCCGCCCTCTGCCGCCCCGACATCCAGCCCACCACCTGCCGCGGCTGCGTCAAGATCGCCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009806
ATGGGCATTAAAACATGGGTGATCTTCATCTCTCTCACAACCACAGCAAGCTCCCAATACTCAGGCCATTCATGCTCCACCACCGGCAACTACACCCGAGAAAGCCTTTACAGAGCCGACCTCAACGCCCTCCTCGCCTCCCTCTCCTCTACCAACGCCACCTTCTACAACGCCTCCGCCGGCCAAGCCAACGCCGCCGCCCTCTGCCGCCCCGACATCCAGCCCACCACCTGCCGCGGCTGCGTCAAGATCGCCGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793197.1
MGIKTWVIFISLTTTASSQYSGHSCSTTGNYTRESLYRADLNALLASLSSTNATFYNASAGQANAAALCRPDIQPTTCRGCVKIAAADVLAQCPDQLEAVEARAALLDDLRSRAAAGGSVLKAAAGSRAAGGSNQTVFGLVQCSPDLSAENCSRCLAEAAAVIPACCDALVGVRVYTPSCTIRYELSDFYNETRLQELIAASPPPIAGSDGDANKIRNIVIIVVSIVSFLTLAFFLRKKTKKHETTEDPNVESIQYEFHK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器