当前解析结果
SmilChr02G003740| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003740 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003740 |
| 描述 | putative nucleobase-ascorbate transporter 10 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 59059038 - 59063210 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010684 |
|---|---|
| GeneID | 131010684 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010684 |
| 原始查询 | SmilChr02G003740 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative nucleobase-ascorbate transporter 10 |
| 产物 | putative nucleobase-ascorbate transporter 10 |
| Arabidopsis | AT1G65550 (AT1G65550)Xanthine/uracil permease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842866] identity=57.9; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0741800- identity=60; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00860 (Xan_ur_permease) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010684 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057794325.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794325.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794325.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794325.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794325.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:59059197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B9,C67 |
Chr2:59059370 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B27,C29 |
Chr2:59059431 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr2:59059605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr2:59059920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr2:59060157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B47 |
Chr2:59060386 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B122,B77 |
Chr2:59060523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr2:59060538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr2:59060589 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C78 |
Chr2:59060590 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr2:59060644 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794325.1PF00860
Xan_ur_permease 53-451 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794325.1 |
Pfam | PF00860 |
Xan_ur_permease | Family | 53 | 451 | 3.2e-61 | 207.9 | Permease family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。