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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003740

染色体: Chr02 坐标: 59059038-59063210 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003740
名称SmilChr02G003740
描述putative nucleobase-ascorbate transporter 10
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59059038 - 59063210 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010684
GeneID131010684
locus_tag-
NCBI NameLOC131010684
原始查询SmilChr02G003740

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative nucleobase-ascorbate transporter 10
产物putative nucleobase-ascorbate transporter 10
ArabidopsisAT1G65550 (AT1G65550)
Xanthine/uracil permease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842866]
identity=57.9; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0741800
-
identity=60; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010684

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794325.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794325.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794325.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794325.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794325.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59059197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B9,C67
Chr2:59059370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B27,C29
Chr2:59059431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr2:59059605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:59059920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:59060157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B47
Chr2:59060386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B122,B77
Chr2:59060523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:59060538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr2:59060589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C78
Chr2:59060590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:59060644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794325.1
541 aa
N
1
270
541
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 53-451 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794325.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 53 451 3.2e-61 207.9 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938342.1
GATGCATGATGCCTGCTGAACTTAGCTTCTTTGGAGAGATTGATGTTCTCACGACTCATGGTGAAGTGGACAATGTTGGTGAATGTGATCGCTGTTGGTAGAGGTCGTTTATTGCTATTGAATACTTCTTCTATGTATCTTTGGGTTTGCTTATTCACAACAACCAAAAATGCTGTGTTGTGAAAAGGAAACGCATGTAGTTTTCTGACCTATCGCATGCTCACACTAAACATAGGTAAGTAGATTGGTTTGTCATGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010684
ATGACAAACAATAATAACAATAACCATAACAATAGCAATACCAATAACAATAACAATAGACAACAGCAGCAGCCGCCACCACCACCGTCGCATCCAGCGCTCGAGCAGCTTCCCGGAGTCCAGTACTGCATCAACAGTTCACCACCTATGCTGGATGCAATTTTGTTGGGGTTACAGCATTATGTTCTGGCGCTTGGCTCAACTGTCTTAATCCCAAGTTTGCTAGTTCCTCAAATGGGTGGTAGTGATAAAGACAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794325.1
MTNNNNNNHNNSNTNNNNNRQQQQPPPPPSHPALEQLPGVQYCINSSPPMLDAILLGLQHYVLALGSTVLIPSLLVPQMGGSDKDKAEVIQTLLFVSGVNTLLHSLFGTRLPSVIGGSYAFLIPVTSIIQSKRYASMHPPGQRFVLTMREIQGALIMSSCFQMIFGFTCLWRNITRLLTPLSTAPLVTFTGLGLYYLGFPQIAKCYEVGLPALVLIFVFSQIIPKYMKRPMCDRYALLISVAIVWMYAEILTMSGAFKKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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