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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003744

染色体: Chr02 坐标: 59093265-59098414 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003744
名称SmilChr02G003744
描述GPN-loop GTPase QQT1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59093265 - 59098414 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010697
GeneID131010697
locus_tag-
NCBI NameLOC131010697
原始查询SmilChr02G003744

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GPN-loop GTPase QQT1
产物GPN-loop GTPase QQT1
ArabidopsisAT5G22370 (QQT1)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832298]
identity=82.9; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0555000
-
identity=86.8; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF03029 (ATP_bind_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010697

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794343.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794343.1
3 Midbody Midbody 0.80000 XP_057794343.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794343.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057794343.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59094003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:59094018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B98,D7
Chr2:59094028 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 110 A14,A15,A16,A19,A21,A22,A23,A24,A25,A5,A6,A7,A8,B10,B100,B104,B108,B112,B113,B114,B12,B126,B128,B129,B132,B133,B134,B139,B15,B16,B2,B26,B29,B3,B30,B31,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B50,B54,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B69,B7,B72,B73,B74,B78,B79,B8,B86,B88,B89,B9,B93,B94,B95,B97,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C19,C20,C23,C24,C26,C27,C29,C30,C4,C41,C49,C5,C50,C51,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C64,C65,C66,C69,C70,C71,C74,C78,C84,D11,D5,D7
Chr2:59094030 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 106 A14,A15,A16,A19,A21,A22,A24,A25,A5,A6,A7,A8,B10,B100,B104,B108,B112,B114,B12,B126,B128,B129,B132,B133,B134,B139,B15,B16,B2,B26,B29,B30,B31,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B50,B54,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B69,B7,B72,B73,B74,B78,B79,B8,B86,B88,B89,B9,B93,B94,B95,B97,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C19,C20,C23,C24,C26,C27,C29,C30,C4,C41,C49,C5,C50,C51,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C64,C65,C69,C70,C71,C74,C78,C84,D11,D5,D7
Chr2:59094196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B40,B56,B96,D10
Chr2:59094922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B98,D7
Chr2:59095371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B102
Chr2:59095378 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C72
Chr2:59095378 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 1 C72
Chr2:59097353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B7,B91,C87,D2
Chr2:59097389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B18,B24,B33,C48
Chr2:59097522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794343.1
310 aa
N
1
155
310
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 7-255 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794343.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 7 255 7.9e-79 265.6 Conserved hypothetical ATP binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938360.1
AACTCTTTTGTGAATTGAGGCAAAATTTTAAAAACCTATTTTTGCAGTGAAAGAGGGGTTTAAGCCCTTCTCCAAGCCAGAGCGCCAAATTCCAATTTCCGAAGCTTCCAGTTTCATCTTCATCAATAAGCTGCAAACACACTAATTCTGACTTCTGAGCTACAACTACAACTCGTCAAATTTTCAAGAAATTAACCGCACCGGAAGCAAAATGGTGTTCGGTCAAGTGGTTATCGGACCACCGGGCTCCGGCAAGACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010697
ATGGTGTTCGGTCAAGTGGTTATCGGACCACCGGGCTCCGGCAAGACCACCTACTGCAACGGCATGTCTCAATTTCTCCAGCTCGTCGGCCGGAAGGTTGCGGTGATCAATTTGGATCCAGCTAATGATTCTTTGCCATATGAATGTGCTATTAATATCGAGGATTTGGTTAAGCTCGAAGATGTCATGGCGGAGCATTCCTTAGGTCCTAATGGAGGTCTTGTTTATTGCATGGATTATTTGGAGAAGAACATCGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794343.1
MVFGQVVIGPPGSGKTTYCNGMSQFLQLVGRKVAVINLDPANDSLPYECAINIEDLVKLEDVMAEHSLGPNGGLVYCMDYLEKNIDWLEAKLKPLLKDHYLLFDFPGQVELFFLHENAKKVIMKLIKKLNLRLTAVHLVDAHLCSDPGKYISALLLSLSTMLHMELPHVNVLSKIDLIESYGKLAFNLDFYTDAHDLSYLQYHLDQDPRSAKYRKLTKELCKVIENFSLVDFTTLDIQDKVSVGNLVKLIDKTNGYIFAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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