Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003745

染色体: Chr02 坐标: 59100565-59101478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003745
名称SmilChr02G003745
描述uncharacterized SmilChr02G003745
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59100565 - 59101478 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009809
GeneID131009809
locus_tag-
NCBI NameLOC131009809
原始查询SmilChr02G003745

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=high
产物folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G20830 (AT2G20830)
folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]
identity=55.7; qcov=0.61; evalue=1.93e-55; confidence=high
RiceOs03g0582000 (OJ1785_A05.10)
-
identity=44.9; qcov=0.645; evalue=4.6e-49; confidence=medium
GOGO:0005542 (folic acid binding); GO:0016740 (transferase activity)
KEGG-
PfamPF07837 (FTCD_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009809

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793200.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057793200.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793200.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793200.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793200.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59100622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr2:59100623 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 11 A2,A22,B11,B113,B125,B14,B20,B35,B9,C13,C69
Chr2:59100635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B13
Chr2:59100645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr2:59100671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C57
Chr2:59100681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B107,B16
Chr2:59100684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A19,B134,B61
Chr2:59100686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B19,C61
Chr2:59100689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C86
Chr2:59100692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:59100698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B40
Chr2:59100707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C83,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793200.1
259 aa
N
1
130
259
FTCD_N
C
PF07837 FTCD_N 49-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793200.1 Pfam PF07837 FTCD_N Domain 49 125 8.8e-08 32.8 Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937217.1
ATGGCTAGCAAGATTGTTAAGTGTGTGATGAAGTCTGTGATTAAGAGTAAGGGAAATCGTTTAGAAGTGAGATGTTCGATAGAGGATGACTACATAATTGTGTCACGAACAAAAGGGAGCATCAAAATAGCATCTATTGAGATAGTAGGGAATTTGCTCACTGTTCAGAGAATTGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTCGCTCGACACAATCAGGAGGGAGCTCGGCTACTTCAAGCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009809
ATGGCTAGCAAGATTGTTAAGTGTGTGATGAAGTCTGTGATTAAGAGTAAGGGAAATCGTTTAGAAGTGAGATGTTCGATAGAGGATGACTACATAATTGTGTCACGAACAAAAGGGAGCATCAAAATAGCATCTATTGAGATAGTAGGGAATTTGCTCACTGTTCAGAGAATTGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTCGCTCGACACAATCAGGAGGGAGCTCGGCTACTTCAAGCGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793200.1
MASKIVKCVMKSVIKSKGNRLEVRCSIEDDYIIVSRTKGSIKIASIEIVGNLLTVQRIVATFLYGAAHGEGRSLDTIRRELGYFKRNANGNQWVGNLQSETLQLKPDEGHPHAVPTKGVVVVGATQWVENYNVPIFSTDMAVVRRIAKRISCRGGGLPSVQSMALAHGKGMIEVDCNLLDTSKAGGEDVQRAVECLAREKGMDVEEGYYTDLSQNQKKFICFFDVVYGDVETGLGGGPCGGSGGGGLELCGTREARGRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器