Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003746`

染色体: Chr02 坐标: 59117599-59119119 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003746`
名称	SmilChr02G003746
描述	uncharacterized SmilChr02G003746
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	59117599 - 59119119 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010705`
GeneID	`131010705`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010705`
原始查询	`SmilChr02G003746`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]; symbol=ZCF37; hit=AT1G59590; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]; symbol=ZCF37; hit=AT1G59590; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G59590` (ZCF37) ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249] identity=36.7; qcov=0.827; evalue=2.98e-31; confidence=medium
Rice	`Os03g0432000` - identity=34.5; qcov=0.846; evalue=8.35e-28; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF27773 (At5g23160)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010705

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057794352.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057794352.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057794352.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794352.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794352.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:59118020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C34
`Chr2:59118041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:59118058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,D1
`Chr2:59118076`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B102
`Chr2:59118076`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B102
`Chr2:59118078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr2:59118090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,C83,D4
`Chr2:59118108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B63,C34
`Chr2:59118121`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C34
`Chr2:59118194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,C29,C6,D7
`Chr2:59118232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B79,D1,D3
`Chr2:59118251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794352.1

260 aa

130

260

At5g23160

PF27773 At5g23160 172-212 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794352.1`	Pfam	`PF27773`	At5g23160	Domain	172	212	9.3e-11	41.6	At5g23160

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938369.1
AATTCAAATTACACATTACTCCTTCAAAATTAAATCCCCAAACAATAAATAACACTCCTAAAATAGGAGGCACTAAAATTACTAAAAGGTGAAAAGTGAGAGGGCCACGTTCAAACATGGCGCTAATATTTCAATTCCCAATTCCCACAAGAAGTCAAATCTCTGTATAAATACAATAACAAGTAAGCAAGTAGAAGCTTCCATGGAATCGGAGATTCAGCCAAAGAAAAACTACCATTTCTTTCTTTGACCAATTCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010705
ATGTTCATTTGCGGAAGTGGAAGTTTCAGCAATCAAGATGACGGCGATCACGAAGCCTACGCCAGCCCCTGCTCCACGCCGAAGCGGTCGCGGCGGAGCACCAGCTTCTGCAAGCTCATGGGGAGAGACAGCGGCAGCAAAAATCCGTACGCGGATAGAGGCCTCGACAAATTCTACGCTCTCTTAGCAGATCTCGACGATAAGAAGCAGAAGATCTACACGCAGAAAGGATCCGAGGACATCTCCTTCGTCCGATTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794352.1
MFICGSGSFSNQDDGDHEAYASPCSTPKRSRRSTSFCKLMGRDSGSKNPYADRGLDKFYALLADLDDKKQKIYTQKGSEDISFVRFVYANDSDSVKPIVVKVKEKNPPKSAKNLNEQRSFKSAADQNGGADAAPPPAGEAKSEKTMKKKRSLRCKESFKLEDLKHPHFYFPVMVVLILLFLAIYGRSFAILCTSIGWYLAPTIAGGSGAAAVASERKPKRKKEYVRKKSEVVHSEGPSSPKSVINGLNRVQQQHDRKTSW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器