当前解析结果
SmilChr02G003756| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003756 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003756 |
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein At5g43190 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 59217753 - 59219222 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010693 |
|---|---|
| GeneID | 131010693 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010693 |
| 原始查询 | SmilChr02G003756 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein At5g43190 |
| 产物 | F-box/kelch-repeat protein At5g43190 |
| Arabidopsis | AT5G43190 (AT5G43190)Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834337] identity=51.5; qcov=1.03; evalue=2.82e-111; confidence=high |
| Rice | Os04g0668600 (OsFbox237)- identity=28; qcov=0.966; evalue=1.72e-32; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010693 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794340.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057794340.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057794340.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794340.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794340.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:59218128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B131,B31,C31,C76 |
Chr2:59218558 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:59218610 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C73 |
Chr2:59218610 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr2:59218613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr2:59218697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr2:59218720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr2:59218880 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,C87,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794340.1PF00646
F-box 6-39 aa
PF12937
F-box-like 6-43 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794340.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 6 | 39 | 2.9e-08 | 34.0 | F-box domain |
XP_057794340.1 |
Pfam | PF12937 |
F-box-like | Domain | 6 | 43 | 1.5e-06 | 28.6 | F-box-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。