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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003761

染色体: Chr02 坐标: 59289869-59293995 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003761
名称SmilChr02G003761
描述uncharacterized SmilChr02G003761
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59289869 - 59293995 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010688
GeneID131010688
locus_tag-
NCBI NameLOC131010688
原始查询SmilChr02G003761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述interferon-related developmental regulator family protein / IFRD protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839669]; symbol=SAT32; hit=AT1G27760; species=arabidopsis; confidence=high
产物interferon-related developmental regulator family protein / IFRD protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839669]; symbol=SAT32; hit=AT1G27760; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G27760 (SAT32)
interferon-related developmental regulator family protein / IFRD protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839669]
identity=59.1; qcov=0.942; evalue=1.31e-138; confidence=high
RiceOs07g0588000
-
identity=45.6; qcov=0.897; evalue=4.39e-91; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04836 (IFRD_C); PF05004 (IFRD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010688

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794332.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057794331.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057794331.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794332.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794332.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59289940 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B118,B59
Chr2:59289940 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B118,B59
Chr2:59290924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:59290948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:59291543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,B47
Chr2:59291714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:59291731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B117,C27,C3,C53
Chr2:59291911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:59292155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:59292187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:59292232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr2:59292237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B122,B26,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794331.1
458 aa
N
1
229
458
IFRD
IFRD_C
C
PF05004 IFRD 65-349 aa PF04836 IFRD_C 394-440 aa
XP_057794332.1
437 aa
N
1
218
437
IFRD
IFRD_C
C
PF05004 IFRD 44-328 aa PF04836 IFRD_C 373-419 aa
XP_057794333.1
379 aa
N
1
190
379
IFRD
C
PF05004 IFRD 65-349 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794331.1 Pfam PF05004 IFRD Repeat 65 349 5.1e-78 262.8 Interferon-related developmental regulator (IFRD)
XP_057794331.1 Pfam PF04836 IFRD_C Family 394 440 1.4e-15 58.3 Interferon-related protein conserved region
XP_057794332.1 Pfam PF05004 IFRD Repeat 44 328 4.4e-78 263.1 Interferon-related developmental regulator (IFRD)
XP_057794332.1 Pfam PF04836 IFRD_C Family 373 419 1.3e-15 58.4 Interferon-related protein conserved region
XP_057794333.1 Pfam PF05004 IFRD Repeat 65 349 2.9e-78 263.6 Interferon-related developmental regulator (IFRD)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938348.1
CCCCAAATTTCTCACCGCAAGAATCTCATCGTTCATCTGAAATTTTTTCAAATATATTAATGGAGATATTGCTTTTCTATTTCACAAAGGAGGAATCCATAATTCATATTGCAGATTCTCCATCTCCCATAGGAAATTCTCAAAAAAAGAATTTTGCAATGCTGGATTCCGATGATCTAGCTAGCTTGAGCTTGTCATCACCTATTAAGCGCTTCAACAATGTCGAGTTCTCTGGTGTGGAAGAAGTGTTGGTTGATAGA...
XM_057938350.1
CCCCAAATTTCTCACCGCAAGAATCTCATCGTTCATCTGAAATTTTTTCAAATATATTAATGGAGATATTGCTTTTCTATTTCACAAAGGAGGAATCCATAATTCATATTGCAGATTCTCCATCTCCCATAGGAAATTCTCAAAAAAAGAATTTTGCAATGCTGGATTCCGATGATCTAGCTAGCTTGAGCTTGTCATCACCTATTAAGCGCTTCAACAATGTCGAGTTCTCTGGTGTGGAAGAAGTGTTGGTTGATAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010688
ATGGAGATATTGCTTTTCTATTTCACAAAGGAGGAATCCATAATTCATATTGCAGATTCTCCATCTCCCATAGGAAATTCTCAAAAAAAGAATTTTGCAATGCTGGATTCCGATGATCTAGCTAGCTTGAGCTTGTCATCACCTATTAAGCGCTTCAACAATGTCGAGTTCTCTGGTGTGGAAGAAGTGTTGGTTGATAGAGCGCTTGATCAATACTTGGATGCTTTGTACGAGAAGAGGGGTTCTACTAGAGAAAATGC...
LOC131010688
ATGGAGATATTGCTTTTCTATTTCACAAAGGAGGAATCCATAATTCATATTGCAGATTCTCCATCTCCCATAGGAAATTCTCAAAAAAAGAATTTTGCAATGCTGGATTCCGATGATCTAGCTAGCTTGAGCTTGTCATCACCTATTAAGCGCTTCAACAATGTCGAGTTCTCTGGTGTGGAAGAAGTGTTGGTTGATAGAGCGCTTGATCAATACTTGGATGCTTTGTACGAGAAGAGGGGTTCTACTAGAGAAAATGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794331.1
MEILLFYFTKEESIIHIADSPSPIGNSQKKNFAMLDSDDLASLSLSSPIKRFNNVEFSGVEEVLVDRALDQYLDALYEKRGSTRENALASTIEAFNNSIQHEFTEEKFATLLHQCLNSIKRGSSKEVTLASHVIGLLAVTVGSGEKAREILEESVSPISESLKSTLETSKILSLLACLAVITFVGGEEAEDTEKSMQIMWQVAHPKLGSNVSAAKPPAAVISMVITVWSFLLTTIDGRALNPRSWQNSMSFLSTLLDKDD...
XP_057794332.1
MGRRNSQKKNFAMLDSDDLASLSLSSPIKRFNNVEFSGVEEVLVDRALDQYLDALYEKRGSTRENALASTIEAFNNSIQHEFTEEKFATLLHQCLNSIKRGSSKEVTLASHVIGLLAVTVGSGEKAREILEESVSPISESLKSTLETSKILSLLACLAVITFVGGEEAEDTEKSMQIMWQVAHPKLGSNVSAAKPPAAVISMVITVWSFLLTTIDGRALNPRSWQNSMSFLSTLLDKDDRAVRIAVGQALALIFEIGSLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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