Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003765`

染色体: Chr02 坐标: 59352509-59353943 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003765`
名称	SmilChr02G003765
描述	transcription factor bHLH139-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	59352509 - 59353943 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010704`
GeneID	`131010704`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010704`
原始查询	`SmilChr02G003765`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH139-like
产物	transcription factor bHLH139-like
Arabidopsis	`AT4G33880` (RSL2) ROOT HAIR DEFECTIVE 6-LIKE 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829531] identity=70; qcov=0.462; evalue=2.33e-51; confidence=medium
Rice	`Os12g0589000` (OsbHLH130) - identity=52.5; qcov=0.762; evalue=5.52e-50; confidence=medium
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH); PF23176 (bHLH_LHW)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010704

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794350.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794350.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794350.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794350.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057794350.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:59353605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B29,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794350.1

261 aa

130

261

HLH

bHLH_LHW

PF00010 HLH 185-225 aa PF23176 bHLH_LHW 186-225 aa

XP_057794351.1

260 aa

130

260

HLH

bHLH_LHW

PF00010 HLH 184-224 aa PF23176 bHLH_LHW 185-224 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794350.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	185	225	5.6e-10	39.6	Helix-loop-helix DNA-binding domain
`XP_057794350.1`	Pfam	`PF23176`	bHLH_LHW	Domain	186	225	3.5e-07	30.8	Transcription factor LHW bHLH domain
`XP_057794351.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	184	224	5.7e-10	39.6	Helix-loop-helix DNA-binding domain
`XP_057794351.1`	Pfam	`PF23176`	bHLH_LHW	Domain	185	224	3.5e-07	30.8	Transcription factor LHW bHLH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938367.1
AAGCTCTCAAAATCACATTCCAAAAAAAACAAAATCTTGGTCTTGTTGGTGAGAAATTAAAAGATGGAAATTGCAGGATTTATTGATGAAGAATGGGAATCATTGAGCCAAATCTTCTCAAGCGTTGAAAATGTGGATTTGTTGCAGCATTATGGCGAACCTTCATTTCTCTCTCAGGAAAGCAGCAACGAAGCCCTTTTCTTCAACATTGATGAAGATCATCATCAGCCGCCGCCTTTGGACACCAACTCATTTGATGA...

XM_057938368.1
AAGCTCTCAAAATCACATTCCAAAAAAAACAAAATCTTGGTCTTGTTGGTGAGAAATTAAAAGATGGAAATTGCAGGATTTATTGATGAAGAATGGGAATCATTGAGCCAAATCTTCTCAAGCGTTGAAAATGTGGATTTGTTGCAGCATTATGGCGAACCTTCATTTCTCTCTCAGGAAAGCAGCAACGAAGCCCTTTTCTTCAACATTGATGAAGATCATCATCAGCCGCCGCCTTTGGACACCAACTCATTTGATGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010704
ATGGAAATTGCAGGATTTATTGATGAAGAATGGGAATCATTGAGCCAAATCTTCTCAAGCGTTGAAAATGTGGATTTGTTGCAGCATTATGGCGAACCTTCATTTCTCTCTCAGGAAAGCAGCAACGAAGCCCTTTTCTTCAACATTGATGAAGATCATCATCAGCCGCCGCCTTTGGACACCAACTCATTTGATGAGACCATGATCATCAACATGCTGCCCGATCACGATGTAATAATGGAAGAGTTTCTACGTTCAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794350.1
MEIAGFIDEEWESLSQIFSSVENVDLLQHYGEPSFLSQESSNEALFFNIDEDHHQPPPLDTNSFDETMIINMLPDHDVIMEEFLRSNRPLDSCQNKRKSEEHQHDKSPKKKPRNQQQKNTKKGKKQVQDKNITEEEINSGGNRQSCSSYSSEDDDSNALINEKINNSKARASRGSATDPQSLYARRRRERINERLKILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDNMWMYAPLAYNGMDLGIYDNICPNLR...

XP_057794351.1
MEIAGFIDEEWESLSQIFSSVENVDLLQHYGEPSFLSQESSNEALFFNIDEDHHQPPPLDTNSFDETMIINMLPDHDVIMEEFLRSNRPLDSCQNKRKSEEHQHDKSPKKKPRNQQKNTKKGKKQVQDKNITEEEINSGGNRQSCSSYSSEDDDSNALINEKINNSKARASRGSATDPQSLYARRRRERINERLKILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDNMWMYAPLAYNGMDLGIYDNICPNLRQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器