Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003771

染色体: Chr02 坐标: 59398874-59400499 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003771
名称SmilChr02G003771
描述uncharacterized protein At2g23090-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59398874 - 59400499 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010714
GeneID131010714
locus_tag-
NCBI NameLOC131010714
原始查询SmilChr02G003771

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OJ1513_F02.133; symbol=OJ1513_F02.133; hit=Os07g0114300; species=rice; confidence=medium
产物OJ1513_F02.133; symbol=OJ1513_F02.133; hit=Os07g0114300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G23090 (AT2G23090)
Uncharacterized protein family SERF [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816839]
identity=82; qcov=1.01; evalue=2.24e-42; confidence=medium
RiceOs07g0114300 (OJ1513_F02.133)
-
identity=84.4; qcov=1; evalue=5.18e-45; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04419 (SERF-like_N); PF12907 (zf-met2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010714

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794365.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057794365.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794365.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794365.1
5 Nucleolus 核仁 0.40000 XP_057794365.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59399063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C37
Chr2:59399150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B20,C34,D9
Chr2:59400167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794365.1
77 aa
N
1
38
77
SERF-like_N
zf-met2
C
PF04419 SERF-like_N 3-35 aa PF12907 zf-met2 38-75 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794365.1 Pfam PF04419 SERF-like_N Disordered 3 35 2.5e-07 32.2 Small EDRK-rich factor 1/2-like, N-terminal
XP_057794365.1 Pfam PF12907 zf-met2 Family 38 75 6.7e-21 74.8 Zinc-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938382.1
GAGTTAATTTCCTTTGGCTCGTCTGTATTTCTAGAATCTACCCTCTTCACCAAATTAAATACCCCTGTTACTTCACCATATTACCAGAAAAATATGTAAATATATTTTCAATAAATTATTTTCCAATTTACATATATATGCCGCAATTGATGCCTCTGCATCTCTACCGTCAAAGGGCCAAAGAGAAGTGAGCAACGAGAAATAAAGGGTTTTGATCCCCAAAAAGAAAAGAAAAACACACCCCAAAAAAGAGAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010714
ATGGGTGGAGGCAATGGGCAGAAGGCAAAGATGGCTAGAGAGAGAAACATGGAGAAGCTCAAAGGCCAGAAAGGAAGTCAGCTTGAAACCAACAAGAAGGCTATGACCATCCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACTTTCATTTGCACTACTTCGGAGGTGAAATGCAGAGAACATGCAGAAGCAAAACATCCGAAGGCCGATGTCTACACTTGTTTCCCCCACCTGAAGAAGTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794365.1
MGGGNGQKAKMARERNMEKLKGQKGSQLETNKKAMTIQCKVCMQTFICTTSEVKCREHAEAKHPKADVYTCFPHLKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器