当前解析结果
SmilChr02G003773| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003773 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003773 |
| 描述 | subtilisin-like protease SBT1.7 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 59430619 - 59433539 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010681 |
|---|---|
| GeneID | 131010681 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010681 |
| 原始查询 | SmilChr02G003773 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | subtilisin-like protease SBT1.7 |
| 产物 | subtilisin-like protease SBT1.7 |
| Arabidopsis | AT5G67360 (ARA12)Subtilase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836871] identity=62.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0761500 (OsSub31)- identity=61.1; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00082 (Peptidase_S8); PF02225 (PA); PF05922 (Inhibitor_I9); PF17766 (fn3_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010681 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057794322.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057794322.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057794322.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794322.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794322.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:59431807 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B97 |
Chr2:59431807 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr2:59431969 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:59432203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr2:59432945 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr2:59433246 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr2:59433291 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794322.1PF05922
Inhibitor_I9 36-111 aa
PF00082
Peptidase_S8 136-604 aa
PF02225
PA 374-461 aa
PF17766
fn3_6 661-766 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794322.1 |
Pfam | PF05922 |
Inhibitor_I9 | Domain | 36 | 111 | 3.3e-18 | 66.8 | Peptidase inhibitor I9 |
XP_057794322.1 |
Pfam | PF00082 |
Peptidase_S8 | Domain | 136 | 604 | 1.6e-46 | 159.7 | Subtilase family |
XP_057794322.1 |
Pfam | PF02225 |
PA | Domain | 374 | 461 | 5.5e-13 | 49.6 | PA domain |
XP_057794322.1 |
Pfam | PF17766 |
fn3_6 | Domain | 661 | 766 | 1.7e-26 | 93.0 | Fibronectin type-III domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。