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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003773

染色体: Chr02 坐标: 59430619-59433539 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003773
名称SmilChr02G003773
描述subtilisin-like protease SBT1.7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59430619 - 59433539 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010681
GeneID131010681
locus_tag-
NCBI NameLOC131010681
原始查询SmilChr02G003773

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述subtilisin-like protease SBT1.7
产物subtilisin-like protease SBT1.7
ArabidopsisAT5G67360 (ARA12)
Subtilase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836871]
identity=62.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0761500 (OsSub31)
-
identity=61.1; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00082 (Peptidase_S8); PF02225 (PA); PF05922 (Inhibitor_I9); PF17766 (fn3_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057794322.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057794322.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057794322.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794322.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794322.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59431807 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B97
Chr2:59431807 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B97
Chr2:59431969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:59432203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr2:59432945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:59433246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:59433291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794322.1
770 aa
N
1
385
770
Inhibitor_I9
Peptidase_S8
PA
fn3_6
C
PF05922 Inhibitor_I9 36-111 aa PF00082 Peptidase_S8 136-604 aa PF02225 PA 374-461 aa PF17766 fn3_6 661-766 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794322.1 Pfam PF05922 Inhibitor_I9 Domain 36 111 3.3e-18 66.8 Peptidase inhibitor I9
XP_057794322.1 Pfam PF00082 Peptidase_S8 Domain 136 604 1.6e-46 159.7 Subtilase family
XP_057794322.1 Pfam PF02225 PA Domain 374 461 5.5e-13 49.6 PA domain
XP_057794322.1 Pfam PF17766 fn3_6 Domain 661 766 1.7e-26 93.0 Fibronectin type-III domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938339.1
CTGGGACTAATTTTGCAAAAGGATACATCAACTTTCTAACAATGATGCAAAAAGATTCTTCACAATCTAATAATACTTGATTGTAGGTGAATAATTGAATCTTTAACAGGAATCATCTCTCTCCAATTTCTAACTTAATGTGGGACCAGATTATGTTTTACGACCTGAAGCCAGACTATTATATGTATGACTACTTGGGAGCTCTCCACACAAAAAAAATGTTTTTCAGTATGAGTATATCAATATAAGACCCAAACACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010681
ATGGCAAACATGATGTCTGTGCTTAGACTTCTTCCACTCCTGACATTTCTGTTTCTTTGCCAGTCATTTGTTGATGCAGAGATTTTGCATCAGCAGATGAAGAAGACGTTCATAGTTCACATGGACAAGTCGAACGTGCCAGAAAGCTTCGACAATCACCTGCAGTGGTATGACTCTTCTTTGAAGTCAGTATCACAAACTGCCAACAAGCTCTACACATACAACAACGTTGTCCATGGATATTCAGCGCGCCTAACAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794322.1
MANMMSVLRLLPLLTFLFLCQSFVDAEILHQQMKKTFIVHMDKSNVPESFDNHLQWYDSSLKSVSQTANKLYTYNNVVHGYSARLTVEEAQLLEAQPGVLLVQEDKKYEIHTTRSPEFLGILNSDASLHESGTPSDVIIGVLDTGVWPESSSYDDKEVGPLPPGWKGACEASKTFSSSSCNRKLIGARFFSQGYEAAYGPVDETVESRSPRDDDGHGTHTSTTAAGSPVVGASLFGYAAGTARGMARHARVAAYKVCWQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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