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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003775

染色体: Chr02 坐标: 59437685-59441145 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003775
名称SmilChr02G003775
描述uncharacterized SmilChr02G003775
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59437685 - 59441145 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010723
GeneID131010723
locus_tag-
NCBI NameLOC131010723
原始查询SmilChr02G003775

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Syntaxin/t-SNARE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839663]; symbol=AT1G27700; hit=AT1G27700; species=arabidopsis; confidence=high
产物Syntaxin/t-SNARE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839663]; symbol=AT1G27700; hit=AT1G27700; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G27700 (AT1G27700)
Syntaxin/t-SNARE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839663]
identity=45.7; qcov=1.01; evalue=2.68e-92; confidence=high
RiceOs10g0343100
-
identity=42.6; qcov=1.01; evalue=5.61e-77; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane); GO:0048193 (Golgi vesicle transport)
KEGG-
PfamPF09177 (STX6_10_61_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010723

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057794369.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057794369.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057794369.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057794369.1
5 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057794369.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59439454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:59440731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794369.1
345 aa
N
1
172
345
STX6_10_61_N
C
PF09177 STX6_10_61_N 11-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794369.1 Pfam PF09177 STX6_10_61_N Domain 11 104 2e-21 77.1 Syntaxin 6/10/61, N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938386.1
GTGTTGAAGGAGAAGCTGAGTTTGTGACAGCAACAAAATGACCCGACAATATAATTTTTAAATAAAAAATGCACAATTTTTTTGACCGCTTACCACAATGTGAGCCAGCCACCAAGAACCGAAAATGACACCGTTGCCTTCAGATAATTGCAAAAGAAAGATCGTCTTTTCCCGCAGTTGCAGCTCCACGATACCACAATTGATCCACCAAATCCACAAAAAAAGACCGCCGTTTTTTACGATTCCGTTGTCTCTTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010723
ATGACATCAACGTTTGATAGATGGGAAAAAGATCCGTTTTTCTCTGCTGCGGAGGACGTTCAGGAATCTTCCGACAGGATGGAATCAACATATAGAACATGGATTCATGCGATCAAGGAGCCCTCCGGTTCTTGGAATTTGGATGAGCTTCGGAGAGATCTTCAAACAACCCTTGGCACAACCAAGTGGCAGTTGGAAGAATTTGGACGTGCTGTAAGATCGAGTTACCCAAATAGTGGATCAGCTGATGATGCAAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794369.1
MTSTFDRWEKDPFFSAAEDVQESSDRMESTYRTWIHAIKEPSGSWNLDELRRDLQTTLGTTKWQLEEFGRAVRSSYPNSGSADDAKDRHRDFIVAIENQVKKVETSLKESTVRQGKPPLPWVRLDEGERNELALFLSGQSLSSPNKLFGKHQQGQENSLEGDQQVNNECSRSSSHLVELAQVEGKGDKFSGHRRTASASADIGSWKIAVADDVLHDSSSAKPDRPPRKIPSFSGFLNSMESSMSQLKWSKNGYKKLKPTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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