Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003782

染色体: Chr02 坐标: 59490863-59492993 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003782
名称SmilChr02G003782
描述uncharacterized SmilChr02G003782
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59490863 - 59492993 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009816
GeneID131009816
locus_tag-
NCBI NameLOC131009816
原始查询SmilChr02G003782

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=23.6; qcov=0.978; evalue=9.87e-47; confidence=weak
RiceOs12g0597300
-
identity=27.4; qcov=0.63; evalue=9.63e-41; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793206.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793206.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793206.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793206.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793206.1
689 aa
N
1
344
689
Transposase_mut
MULE
C
PF00872 Transposase_mut 427-527 aa PF10551 MULE 428-522 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793206.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 427 527 1.6e-10 41.2 Transposase, Mutator family
XP_057793206.1 Pfam PF10551 MULE Domain 428 522 2.3e-20 73.5 MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937223.1
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAATTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAGAATAAAAGTGGCTTTGAAGACTGATTCGGATTTGAACCGACTGATTTCCGAGCATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009816
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAATTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAGAATAAAAGTGGCTTTGAAGACTGATTCGGATTTGAACCGACTGATTTCCGAGCATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793206.1
MSFQAIVIRHSGQWKLTEYEGGDEVVVYMSKEDLCHAKLMQEVHDQLNEDGRSTYMLFYTSTTDEGRRIKVALKTDSDLNRLISEHKKYPVVYVIEKGKQSAAPIPHTQERVYYEGHRSTVFPIETDVGRSIPTHDDSRDDSSSQEEEDESESSDEEEEAIRRREILDSVSTEQEAWRQTGPQNFTSDDQPDVEPRVGVQQLEARDWGIPVLDFDDAPALGWEDSNVLESGILSVGALFRSKDDLAIAVGLYHMENHVEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器