当前解析结果
SmilChr02G003799| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003799 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003799 |
| 描述 | uncharacterized protein At2g23090-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 59619165 - 59620751 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010744 |
|---|---|
| GeneID | 131010744 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010744 |
| 原始查询 | SmilChr02G003799 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OJ1513_F02.133; symbol=OJ1513_F02.133; hit=Os07g0114300; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | OJ1513_F02.133; symbol=OJ1513_F02.133; hit=Os07g0114300; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G23090 (AT2G23090)Uncharacterized protein family SERF [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816839] identity=82; qcov=1.01; evalue=2.24e-42; confidence=medium |
| Rice | Os07g0114300 (OJ1513_F02.133)- identity=84.4; qcov=1; evalue=5.18e-45; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04419 (SERF-like_N); PF12907 (zf-met2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010744 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794390.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057794390.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057794390.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057794390.1 |
| 5 | Nucleolus | 核仁 | 0.40000 | XP_057794390.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:59619435 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr2:59620293 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:59620443 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr2:59620447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794390.1PF04419
SERF-like_N 3-35 aa
PF12907
zf-met2 38-75 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794390.1 |
Pfam | PF04419 |
SERF-like_N | Disordered | 3 | 35 | 2.5e-07 | 32.2 | Small EDRK-rich factor 1/2-like, N-terminal |
XP_057794390.1 |
Pfam | PF12907 |
zf-met2 | Family | 38 | 75 | 6.7e-21 | 74.8 | Zinc-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。