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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003814

染色体: Chr02 坐标: 59759174-59761532 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003814
名称SmilChr02G003814
描述cytochrome P450 81Q32-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59759174 - 59761532 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010757
GeneID131010757
locus_tag-
NCBI NameLOC131010757
原始查询SmilChr02G003814

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 81Q32-like
产物cytochrome P450 81Q32-like
ArabidopsisAT4G37340 (CYP81D3)
cytochrome P450, family 81, subfamily D, polypeptide 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829889]
identity=49; qcov=1.01; evalue=9.08e-168; confidence=high
RiceOs04g0255600
-
identity=49.7; qcov=0.954; evalue=9.9e-148; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057794404.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057794404.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794404.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794404.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794404.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59759373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:59759557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C14,C34
Chr2:59759575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr2:59760614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B20,B70,C16,C87
Chr2:59760619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,B91,C87
Chr2:59760636 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A8
Chr2:59760636 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A8
Chr2:59760680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:59760683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B27,C29
Chr2:59760701 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B15
Chr2:59760701 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B15
Chr2:59760825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794404.1
498 aa
N
1
249
498
p450
C
PF00067 p450 31-476 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794404.1 Pfam PF00067 p450 Domain 31 476 7.2e-93 312.6 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938421.1
AAGAAAGATACTTAAATCATGTTTTTCATTTCAATTAAACATACTACGATACACTTGATTTTCACCATATCATTAGCTTTATAATCTCTCATAAATTCAACCAACAACTTACGAAAAAAACATCAGTAGTACTAGTGGAGAAATGGATTCACATATTCTCATCTACATTCCTCTCATACTTGCCCTTTTCATCTTCATCAAGCACATCCTCCACAAACTCCAAAACCTCCCTCCTACTCCTCTCCTCCGCTTCCCCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010757
ATGGATTCACATATTCTCATCTACATTCCTCTCATACTTGCCCTTTTCATCTTCATCAAGCACATCCTCCACAAACTCCAAAACCTCCCTCCTACTCCTCTCCTCCGCTTCCCCTTCCTCGGCCACCTACACCTCCTCCAAAAACCCCTTCACCGCTCCCTCGCCGTCATCTCCCGCCGCCACGGCCCGGTGGTCCTCCTCCACCTCGGCTCCCGCCGCGTCCTCCTCGTCTCCTCCCCCTCCGCGGCCGAGGACTGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794404.1
MDSHILIYIPLILALFIFIKHILHKLQNLPPTPLLRFPFLGHLHLLQKPLHRSLAVISRRHGPVVLLHLGSRRVLLVSSPSAAEDCLSKNDAVFANRPRLLVGKHLGYNHTSLVWSSYGDHWRNLRKVSSVEVLSAHRLQTLQGIRVDEVRAMVRALSRASGERKLVDMKAMFFEMTMNVVMRMIGGKAYYGGNVEKAEEGRRFREIVAETMRLMAASNMGDYLPWLGDGGVEKRMVELHRNRDDFMQELVEECKIKRRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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