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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003821

染色体: Chr02 坐标: 59823695-59832362 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003821
名称SmilChr02G003821
描述WD40 repeat-containing protein HOS15-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59823695 - 59832362 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010763
GeneID131010763
locus_tag-
NCBI NameLOC131010763
原始查询SmilChr02G003821

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WD40 repeat-containing protein HOS15-like
产物WD40 repeat-containing protein HOS15-like
ArabidopsisAT5G67320 (HOS15)
WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836867]
identity=66.7; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0405100 (OsWD40-141)
-
identity=72.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016575 (GO:0016575)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF08513 (LisH); PF12894 (ANAPC4_WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010763

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794412.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057794412.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794412.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794412.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794412.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59825378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:59826229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B96,C34,D9
Chr2:59827480 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C56
Chr2:59827480 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C56
Chr2:59827726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr2:59830581 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 A19,B126,B76,D10
Chr2:59830581 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 A19,B126,B76,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794412.1
600 aa
N
1
300
600
LisH
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF08513 LisH 8-33 aa PF00400 WD40 247-281 aa PF12894 ANAPC4_WD40 303-354 aa PF00400 WD40 311-339 aa PF00400 WD40 342-380 aa PF12894 ANAPC4_WD40 411-486 aa PF00400 WD40 426-463 aa PF00400 WD40 469-514 aa PF00400 WD40 519-556 aa
XP_057794413.1
443 aa
N
1
222
443
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 90-124 aa PF12894 ANAPC4_WD40 146-197 aa PF00400 WD40 154-182 aa PF00400 WD40 185-223 aa PF12894 ANAPC4_WD40 253-329 aa PF00400 WD40 269-306 aa PF00400 WD40 312-357 aa PF00400 WD40 362-399 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794412.1 Pfam PF08513 LisH Domain 8 33 6.4e-08 33.0 LisH
XP_057794412.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 247 281 6.4e-69 226.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794412.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 303 354 6.7e-29 100.7 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794412.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 311 339 6.4e-69 226.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794412.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 342 380 6.4e-69 226.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794412.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 411 486 6.7e-29 100.7 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794412.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 426 463 6.4e-69 226.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794412.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 469 514 6.4e-69 226.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794412.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 519 556 6.4e-69 226.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794413.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 90 124 3.6e-70 230.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794413.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 146 197 5.1e-30 104.3 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794413.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 154 182 3.6e-70 230.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794413.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 185 223 3.6e-70 230.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794413.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 253 329 5.1e-30 104.3 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794413.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 269 306 3.6e-70 230.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794413.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 312 357 3.6e-70 230.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057794413.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 362 399 3.6e-70 230.2 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938429.1
CCTAAATCTATAGTCGGAAAAAACCCAGTTCGAAATAGCAGCAGCATTCTTCCCCTCCGCTCCCCCAAATCCCTCTCTCTCACACCCAAATTCACAGATAAGAGAGAGAAAGTCGTACATGCAGGGGATTCTCGACAATGATTGCAATTACCTCCGCCGAGTTGAACTACCTCATCTTCCGTTATCTTAACGAATCTGGATTCACACATTCTGCATTCGCTTTAGGATATGAGGCTGGGATTAATAAAAGTAACATTGAT...
XM_057938430.1
GGGGAACTGTACGAATTGAGCCTTTAGAAAGAAGTTAAAGTTGCCAGTTCAACAAAGCATGCCTTTCTTATTATTTGAATACCGAAACCAGTCATACAAAGGTTCATCTTGTTATTGATATTGCAAGTAAAGGATTCACACATTCTGCATTCGCTTTAGGATATGAGGCTGGGATTAATAAAAGTAACATTGATGGCAACCTTGTTCCACCTGGGGCTCTCGTTACATTTGTTCAGAAAGGAATTCAGTATCTTGAACTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010763
ATGATTGCAATTACCTCCGCCGAGTTGAACTACCTCATCTTCCGTTATCTTAACGAATCTGGATTCACACATTCTGCATTCGCTTTAGGATATGAGGCTGGGATTAATAAAAGTAACATTGATGGCAACCTTGTTCCACCTGGGGCTCTCGTTACATTTGTTCAGAAAGGAATTCAGTATCTTGAACTAGAAGCAAACTTGACTAGCGATGATTTGGAAACAGATGATGATTTCCAGTTCCTACATCCTTTGGATCTAAT...
LOC131010763
ATGGAGAAAGAGAAGGAGAAAGAGAAGGAGAAAGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAAGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAAGATAAAGAGAAAGGCAAAGAAAAGGAAAAGCCCTTTGAGGATGCCAGTGATGTTAATCATATGGGCGATGAGATTAATGGTAAACTTGAGGAGAATGGAAATGATGGAGGGCCAGAACCAATGGATATCTGCCCTAGTTTACCTTCCCTGCCTTGTGAATTCCCAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794412.1
MIAITSAELNYLIFRYLNESGFTHSAFALGYEAGINKSNIDGNLVPPGALVTFVQKGIQYLELEANLTSDDLETDDDFQFLHPLDLITKDVDELQRIIKEKKENIQKDKSKGKEKENVENGREHDRRLAIEKEKEIAKEKENEKQQREKEKERDRERMEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKDKEKGKEKEKPFEDASDVNHMGDEINGKLEENGNDGGPEPMDICPSLPSLPCEFPNSDVTVLQGHTSEVFAC...
XP_057794413.1
MEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKDKEKGKEKEKPFEDASDVNHMGDEINGKLEENGNDGGPEPMDICPSLPSLPCEFPNSDVTVLQGHTSEVFACAWNPTGSLLASGSGDSTARIWTIDGPSSSNTENGPFNVVLRHFKGRTNEKSKDVTTLDWNIDGTLLATGSYDGQARIWSKDGELISTLNKHKGPIFSLKWNKKGDFLLSGSVDKTAIVWDVKTGEWRQQFEFHSAPALDVDWRNNFSFATCSTDSMI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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