Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003836`

染色体: Chr02 坐标: 60042154-60043220 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003836`
名称	SmilChr02G003836
描述	probable carbohydrate esterase At4g34215
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60042154 - 60043220 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010780`
GeneID	`131010780`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010780`
原始查询	`SmilChr02G003836`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable carbohydrate esterase At4g34215
产物	probable carbohydrate esterase At4g34215
Arabidopsis	`AT4G34215` (AT4G34215) carbohydrate esterase, putative (DUF303) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829570] identity=48.1; qcov=0.953; evalue=1.2e-81; confidence=high
Rice	`Os03g0857500` - identity=48.5; qcov=0.898; evalue=1.65e-83; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03629 (SASA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010780

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057794425.1`
2	Mitochondrion intermembrane space	Mitochondrion intermembrane space	0.60000	`XP_057794425.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057794425.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057794425.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794425.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60042260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B133,C25
`Chr2:60042260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C25
`Chr2:60042408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B45,C54,C56,C65
`Chr2:60042409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr2:60042412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr2:60042495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B73,C17
`Chr2:60042548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B13,C5,C75
`Chr2:60042549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B13,C5,C75
`Chr2:60042612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B13,C5,C75
`Chr2:60042765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60042822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:60042900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794425.1

255 aa

128

255

SASA

PF03629 SASA 23-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794425.1`	Pfam	`PF03629`	SASA	Domain	23	251	2.8e-87	292.9	Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938442.1
AAATCAAAACCATCCAAGCATTCTTTAGAAGAGGCCAAAAAATAATAAAGCCTCTTCCTCAATTTTGTTGCATTTTGTTCTGGCCAGAAAATGAAATCCCTTGTTTGGTTAACCATTTTGTGTTGCTCAACAATAGTGAGCAGCCAAAGTAAACCCCAAAACATATTCATACTGGCCGGACAAAGCAACATGGCCGGACGGGGCGGGATTATAAACGGCGTGTTCAACAAAGTGGAGCCTCCGGAATGCACGCCCGGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010780
ATGAAATCCCTTGTTTGGTTAACCATTTTGTGTTGCTCAACAATAGTGAGCAGCCAAAGTAAACCCCAAAACATATTCATACTGGCCGGACAAAGCAACATGGCCGGACGGGGCGGGATTATAAACGGCGTGTTCAACAAAGTGGAGCCTCCGGAATGCACGCCCGGCCCGCAGATCTTACGGTTCAACGCCAAGCTTGCGTGGGAGGAGGCCCACGATCCTCTCCACGCCGACATTGATCCTAAGACCTGCGGGATGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794425.1
MKSLVWLTILCCSTIVSSQSKPQNIFILAGQSNMAGRGGIINGVFNKVEPPECTPGPQILRFNAKLAWEEAHDPLHADIDPKTCGMGPGMSFANAVLAKDPSIGVIGLVPCAVGGTKIREWKREMKLYNNMIERTKAALKDGGDLRALLWFQGESDTTTLEEATTYKASFEKFIADVRADLAAPTLPVVQVIVTSGDGKFVKEIRESQQAINVANLKQVDSQGLPLQGDHVHLTTESAIKVGHMLADAFLQFPSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器