Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003843`

染色体: Chr02 坐标: 60173179-60175367 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003843`
名称	SmilChr02G003843
描述	putative F-box/LRR-repeat protein 8
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60173179 - 60175367 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010787`
GeneID	`131010787`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010787`
原始查询	`SmilChr02G003843`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box/LRR-repeat protein 8
产物	putative F-box/LRR-repeat protein 8
Arabidopsis	`AT4G07400` (VFB3) VIER F-box protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826171] identity=60.5; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0505700` (OsFbox227) - identity=58.3; qcov=0.646; evalue=2.45e-127; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF13516 (LRR_6); PF18511 (F-box_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794428.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057794428.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794428.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794428.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794428.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60173834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:60174788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr2:60174850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B102,B24
`Chr2:60174896`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B83
`Chr2:60174896`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B83
`Chr2:60174900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B55,C22,C39,C86
`Chr2:60175003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794428.1

534 aa

267

534

F-box

F-box-like

F-box_5

LRR_6

PF00646 F-box 48-78 aa PF12937 F-box-like 49-78 aa PF18511 F-box_5 49-86 aa PF13516 LRR_6 136-159 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794428.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	48	78	5.5e-08	33.1	F-box domain
`XP_057794428.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	49	78	3e-07	30.8	F-box-like
`XP_057794428.1`	Pfam	`PF18511`	F-box_5	Domain	49	86	3.6e-06	27.1	F-box
`XP_057794428.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	136	159	3.2e-08	33.7	Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938445.1
GCGAAAAGAATGGACTGCCCCAGCGCCCAACTCCCCACCTTAATTGCCTCAGATGATTACAATAATTTATTGTTTAATCAAAGTTTAATCCAAAAGTTAGCACGAAAAACAATTTTTTCTCCAACAAATCCTTTTCTGGATTAAATTCCCCATTCCCTCAGCACCAACAGAGATAAGCAAAAATTCCGCTGCAGCTGAAGACGACAGAGTGAAAATCCCACCTTCATCCGCCGCCGCCGATGGGTCAAACCGCTTCCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010787
ATGGGTCAAACCGCTTCCGCTGCGAGGCCCAGATCCTCCAAATCCACCGCCGCTATCTCGCCGTTCCTGGCGGAGCCCGGCCTCGAGAACCCCGACGATTCCGGCGCCGAATTGGACAATTCCGCCGAAATCGATTACTCTCTGAGCCTCCCCGACGAATGCCTGGCGTGCATTTTCCAGTCGCTCTCCGCCGGCGACAGGAACCGCGCGTCCGTGGTCTGCCGCCGCTGGCTCGCGGTGGAGGGGCAGAGCCGCCACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794428.1
MGQTASAARPRSSKSTAAISPFLAEPGLENPDDSGAELDNSAEIDYSLSLPDECLACIFQSLSAGDRNRASVVCRRWLAVEGQSRHRLSLKAAAELSAAIPRLLARFDSVTKLALKCDRRSVSIGDDALILISQRCRNLTRLKLRACRELTDEGMSVFAANCRNLQKFSCGSSSFGAKGMNALIDNCGLLEELSVKRLRGITDATAAEAIGPGKAADSLKIICLKDLYNGQCFGPLIIGAKNLRSLKLFRCSGDWDKLLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器