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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003858

染色体: Chr02 坐标: 60369218-60372493 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003858
名称SmilChr02G003858
描述uncharacterized SmilChr02G003858
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向60369218 - 60372493 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010799
GeneID131010799
locus_tag-
NCBI NameLOC131010799
原始查询SmilChr02G003858

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述SPla/RYanodine receptor (SPRY) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826007]; symbol=AT4G06536; hit=AT4G06536; species=arabidopsis; confidence=low
产物SPla/RYanodine receptor (SPRY) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826007]; symbol=AT4G06536; hit=AT4G06536; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G06536 (AT4G06536)
SPla/RYanodine receptor (SPRY) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826007]
identity=50.9; qcov=0.36; evalue=5.56e-50; confidence=low
RiceOs02g0614700
-
identity=48.8; qcov=0.345; evalue=7.18e-47; confidence=low
GOGO:0098609 (cell-cell adhesion)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057794443.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057794443.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057794443.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057794443.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794443.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:60369598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B140,B43
Chr2:60369636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:60371505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B42,B43,B98,C82
Chr2:60371587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr2:60371702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,C81
Chr2:60371843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:60371846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B49,B60,B79,C27
Chr2:60371949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:60371999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B54
Chr2:60372009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,A7,B108,B7,D5
Chr2:60372018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:60372193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B42,B43,B98,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938460.1
ATTAATTAGTGTGGCATATGTGGAGTATGCAGAAATAGCATTAGTTAAGTGGGGGATGGCAAGGTCAATAAAGAGAGCTCTTAATGCCATCTCTTTCAACAAATATTTTCCACCTTTGCATATTTCTATAACTTATTTATTACTTGGCCATTCTCTCTGATCTTTGCTGCTGCCTTTCTTGAAGAGGTCCTAGTCCACGCCTTCACAATCAAAGCTCAAACTGCAAAACAAAAATCAGATCAAACTCGTTCCATTTTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010799
ATGATCGGATGGCTACACGCAGCTCTAATAGCAGTCTCCGCAGCATTCCTAGCGCTCGTATTGTTCCTAATAATACGACGATGGGCTCGACCTAGAAGCAACGACGCCGCCGCTGAGAGGGGGCAGAATTTGCAGAGCGGCATAGCGAGGCTCCACCAGGTGAGCCCCCACCACCACCACCTCGACGCCAAGGCCAGCTACCAGCTCTTCCGCCGCGGCGCGCCGCCCAAGCCGGCCTTCAGCTGGGCGGACCACCCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794443.1
MIGWLHAALIAVSAAFLALVLFLIIRRWARPRSNDAAAERGQNLQSGIARLHQVSPHHHHLDAKASYQLFRRGAPPKPAFSWADHPSLVTDAVEHGWPRFAFTAVAVQSSPSVRSARSLLGACATGDHGGDRGVEVGWEVCEGSADFMQKIRLNPDVKSAGSSSIAAAAVIRTALPLPGPNLGNSSFPQEAYFEVTVVACSENSNQANRERRGRSEGDDKIKLIDEDFNAKNSPDSLNHGASSHSQRRSKVEEGIIAKNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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