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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003863

染色体: Chr02 坐标: 60574796-60575290 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003863
名称SmilChr02G003863
描述ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向60574796 - 60575290 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009828
GeneID131009828
locus_tag-
NCBI NameLOC131009828
原始查询SmilChr02G003863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
产物ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
ArabidopsisAT1G19210 (AT1G19210)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838504]
identity=50.9; qcov=0.72; evalue=9.7e-29; confidence=medium
RiceOs02g0781300 (OsERF#011)
-
identity=46.6; qcov=0.628; evalue=2.49e-18; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009828

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793217.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793217.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793217.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793217.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793217.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:60574828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr2:60574896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:60574898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:60574907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:60574925 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B31,C81
Chr2:60574925 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B31,C81
Chr2:60574960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:60574994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B140,B91,C87,D2
Chr2:60574995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,C34,D9
Chr2:60575024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr2:60575044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:60575055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937234.1
ATGATGAAATCACGTGAGAAGCAGCAGCAACCTTCATGCTCCGCCACCGTCGCCGCTTTAGAGGTTGTTCAAGAAGCTTCCTCTTCCTCCTCCTGCAAATACAAGGGCGTGTGCAAGCGTAAGTGGGGGAAATACGTCTTCGAGATCAAGCTCCCTAACTGCAGGGAGAGGCTCTTGCTCGAATCCTACGACACGACGGTGAAGGTAGCGCGTGCCTTCGATGCCGCCCTCTACTGTCAAGATCCTGGTCGTCACCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009828
ATGATGAAATCACGTGAGAAGCAGCAGCAACCTTCATGCTCCGCCACCGTCGCCGCTTTAGAGGTTGTTCAAGAAGCTTCCTCTTCCTCCTCCTGCAAATACAAGGGCGTGTGCAAGCGTAAGTGGGGGAAATACGTCTTCGAGATCAAGCTCCCTAACTGCAGGGAGAGGCTCTTGCTCGAATCCTACGACACGACGGTGAAGGTAGCGCGTGCCTTCGATGCCGCCCTCTACTGTCAAGATCCTGGTCGTCACCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793217.1
MMKSREKQQQPSCSATVAALEVVQEASSSSSCKYKGVCKRKWGKYVFEIKLPNCRERLLLESYDTTVKVARAFDAALYCQDPGRHRRLTLVEKAARAFGGDLGNAKFNFPDNPPEIQIQVAAARFAHASTDAETSSRVVDDLDSQWNSLSSSEVLQHAEGFQYY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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