当前解析结果
SmilChr02G003883| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003883 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003883 |
| 描述 | bZIP transcription factor 23 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 60886579 - 60891133 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010826 |
|---|---|
| GeneID | 131010826 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010826 |
| 原始查询 | SmilChr02G003883 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor 23 |
| 产物 | bZIP transcription factor 23 |
| Arabidopsis | AT1G45249 (ABF2)abscisic acid responsive elements-binding factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841095] identity=50.4; qcov=1.01; evalue=3.87e-94; confidence=high |
| Rice | Os02g0766700 (BZIP23)- identity=56; qcov=0.392; evalue=5.59e-41; confidence=low |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010826 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794471.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794471.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794471.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794471.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057794471.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:60889341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr2:60889396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr2:60889764 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C44,C47,C62,C70 |
Chr2:60889938 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794471.1PF07716
bZIP_2 383-430 aa
PF00170
bZIP_1 384-436 aa
XP_057794472.1PF07716
bZIP_2 383-430 aa
PF00170
bZIP_1 384-436 aa
XP_057794473.1PF07716
bZIP_2 383-430 aa
PF00170
bZIP_1 384-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794471.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 383 | 430 | 1.8e-09 | 38.2 | Basic region leucine zipper |
XP_057794471.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 384 | 436 | 4.8e-13 | 49.7 | bZIP transcription factor |
XP_057794472.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 383 | 430 | 1.8e-09 | 38.2 | Basic region leucine zipper |
XP_057794472.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 384 | 436 | 4.8e-13 | 49.7 | bZIP transcription factor |
XP_057794473.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 383 | 430 | 1.8e-09 | 38.2 | Basic region leucine zipper |
XP_057794473.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 384 | 436 | 4.8e-13 | 49.7 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
6 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。