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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003896

染色体: Chr02 坐标: 61050395-61053342 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003896
名称SmilChr02G003896
描述thioredoxin-like 4, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61050395 - 61053342 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010838
GeneID131010838
locus_tag-
NCBI NameLOC131010838
原始查询SmilChr02G003896

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thioredoxin-like 4, chloroplastic
产物thioredoxin-like 4%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G07700 (AT1G07700)
Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837283]
identity=76.6; qcov=0.839; evalue=8.11e-77; confidence=high
RiceOs02g0567100
-
identity=76.2; qcov=0.726; evalue=2.99e-64; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF00085 (Thioredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057794488.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794497.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057794488.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794497.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794497.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61051547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:61051571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B33,B40,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794488.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794490.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794491.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794492.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794493.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794494.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794495.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794496.1
220 aa
N
1
110
220
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 101-203 aa
XP_057794497.1
168 aa
N
1
84
168
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 49-151 aa
XP_057794498.1
168 aa
N
1
84
168
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 49-151 aa
XP_057794499.1
168 aa
N
1
84
168
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 49-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794488.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794490.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794491.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794492.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794493.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794494.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794495.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794496.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 101 203 9.3e-12 45.6 Thioredoxin
XP_057794497.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 49 151 4.1e-12 46.7 Thioredoxin
XP_057794498.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 49 151 4.1e-12 46.7 Thioredoxin
XP_057794499.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 49 151 4.1e-12 46.7 Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938513.1
GCAAACAAACAAAACTTTAATTTGTAATTTTCATTGATCTCGAAATCTCATGAAGAGGTTTAGAAGCCATTCTGTAATTAACAAAAGTTTAGGGACTAGATTTTACAAAAGGTTAAAGCTTTGAACTACAAGGTCTACAACAGCCACTGAGTGATAATTGCCCCGTTTCTTATCCAAAACATTATTTTGTTCGTCGCGCGAAATTCAAAGGATACCGACTATCTGCTGAGGTTGATGGTTGCTGTCTGGATGACAGTTAT...
XM_057938512.1
GCAAACAAACAAAACTTTAATTTGTAATTTTCATTGATCTCGAAATCTCATGAAGAGGTTTAGAAGCCATTCTGTAATTAACAAAAGTTTAGGGACTAGATTTTACAAAAGGTTAAAGCTTTGAACTACAAGGTCTACAACAGCCACTGAGTGATAATTGCCCCGTTTCTTATCCAAAACATTATTTTGTTCGTCGCGCGAAATTCAAAGGATACCGGTAAGCAAATTCATACAACCTCTCATTTCTTCACATTTCCGAG...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC131010838
ATGCAAAATCTTGGTTTAGTTCATCAGAAAGCCCCGATCAAGTTTATGAGAAAAATCAATGGACAAATCGCTTTTGGCTGTTCCGTGGTATATAGAAGCTTGTTTCAGGTTAAAGGTAACTCGGTTGATTTGAAGGCAATGACTATATGCCAAACTGGGAATTCCTTAGGTACTAGAAGGAAAACTTCTTATATAAATTCATCTAAACTCAAGGGTATGCTGGATGATAATGTTGAAGAATTATCTGATGTTGATGATGA...
LOC131010838
ATGCAAAATCTTGGTTTAGTTCATCAGAAAGCCCCGATCAAGTTTATGAGAAAAATCAATGGACAAATCGCTTTTGGCTGTTCCGTGGTATATAGAAGCTTGTTTCAGGTTAAAGGTAACTCGGTTGATTTGAAGGCAATGACTATATGCCAAACTGGGAATTCCTTAGGTACTAGAAGGAAAACTTCTTATATAAATTCATCTAAACTCAAGGGTATGCTGGATGATAATGTTGAAGAATTATCTGATGTTGATGATGA...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057794488.1
MQNLGLVHQKAPIKFMRKINGQIAFGCSVVYRSLFQVKGNSVDLKAMTICQTGNSLGTRRKTSYINSSKLKGMLDDNVEELSDVDDDDELCPVDCVREFQTDEEFLMILEKAKETNALVVVDFYRTSCGSCKYIEQGFAKICKGSGDQDAPVIFLKHNVIDEYDEQSEVADRLRIRTVPLFHFYKNGVLLEAFATRDKERILTAILKYTGSAPQEVNSVL
XP_057794490.1
MQNLGLVHQKAPIKFMRKINGQIAFGCSVVYRSLFQVKGNSVDLKAMTICQTGNSLGTRRKTSYINSSKLKGMLDDNVEELSDVDDDDELCPVDCVREFQTDEEFLMILEKAKETNALVVVDFYRTSCGSCKYIEQGFAKICKGSGDQDAPVIFLKHNVIDEYDEQSEVADRLRIRTVPLFHFYKNGVLLEAFATRDKERILTAILKYTGSAPQEVNSVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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