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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003900`

染色体: Chr02 坐标: 61099874-61102522 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003900`
名称	SmilChr02G003900
描述	alpha-amylase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	61099874 - 61102522 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010843`
GeneID	`131010843`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010843`
原始查询	`SmilChr02G003900`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha-amylase-like
产物	alpha-amylase-like
Arabidopsis	`AT4G25000` (AMY1) alpha-amylase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828603] identity=61.8; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0457800` (Amy3A/B/C*(RAmy3A/B/C)) - identity=66.3; qcov=0.925; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004556 (alpha-amylase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00128 (Alpha-amylase); PF07821 (Alpha-amyl_C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010843

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057794502.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057794502.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057794502.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794502.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794502.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:61100168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:61101074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:61101179`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C71
`Chr2:61101179`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C71
`Chr2:61101255`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B38
`Chr2:61101255`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B38
`Chr2:61101299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:61101458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B140,B51
`Chr2:61101465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr2:61101495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr2:61101569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B91,C61
`Chr2:61101728`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B125,B21,B52,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794502.1

439 aa

220

439

Alpha-amylase

Alpha-amyl_C2

PF00128 Alpha-amylase 40-120 aa PF07821 Alpha-amyl_C2 366-424 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794502.1`	Pfam	`PF00128`	Alpha-amylase	Domain	40	120	1.6e-13	51.4	Alpha amylase, catalytic domain
`XP_057794502.1`	Pfam	`PF07821`	Alpha-amyl_C2	Domain	366	424	4.3e-20	72.5	Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938519.1
CTTACTTGACATAATCATAGAAACCAACTGAAATATCAAACATGACTACTTTTGTTACATATTTTTCGATTATTTTTTCTGCTTTTACTTTCTTCCCCGCCTTGTCCACTTCCACCTTATTGTTTCAGGGATTCAACTGGGAGTCGAGCAAACAAGGAGGGTGGTACAATTCGCTTATCGATGTTGTACCGGAAATAGCCAGCTTTGGAGTTACTCATATTTGGCTGCCACCTCCCACTCACTCGGTTGATTCTCAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010843
ATGACTACTTTTGTTACATATTTTTCGATTATTTTTTCTGCTTTTACTTTCTTCCCCGCCTTGTCCACTTCCACCTTATTGTTTCAGGGATTCAACTGGGAGTCGAGCAAACAAGGAGGGTGGTACAATTCGCTTATCGATGTTGTACCGGAAATAGCCAGCTTTGGAGTTACTCATATTTGGCTGCCACCTCCCACTCACTCGGTTGATTCTCAAGGATATCTGCCGGGAAGGCTGTACGACCTGGACGCATCAAACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794502.1
MTTFVTYFSIIFSAFTFFPALSTSTLLFQGFNWESSKQGGWYNSLIDVVPEIASFGVTHIWLPPPTHSVDSQGYLPGRLYDLDASNYGNGGELRSLIKAIHDMGMKAVADIVINHRTAEKKDGRGIYSIFEGGTPDDRLDWGPSLICRDDTQYSDGTGNLDSGAPYDAAPDIDHLNPRVQKELSEWLNWLKSDVGFDGWRFDFVKGFAPFVTKIYMDNTRPDFAVAELWNALAYGKSGKLAYDQDAHRKELAAWAEGWGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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