Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003912

染色体: Chr02 坐标: 61206599-61213683 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003912
名称SmilChr02G003912
描述uncharacterized SmilChr02G003912
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61206599 - 61213683 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010853
GeneID131010853
locus_tag-
NCBI NameLOC131010853
原始查询SmilChr02G003912

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidic acid phosphohydrolase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834298]; symbol=PAH2; hit=AT5G42870; species=arabidopsis; confidence=weak
产物phosphatidic acid phosphohydrolase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834298]; symbol=PAH2; hit=AT5G42870; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G42870 (PAH2)
phosphatidic acid phosphohydrolase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834298]
identity=47.9; qcov=0.264; evalue=5.26e-46; confidence=weak
RiceOs05g0462400
-
identity=69.2; qcov=0.114; evalue=3.42e-36; confidence=weak
GOGO:0008195 (phosphatidate phosphatase activity); GO:0044255 (GO:0044255)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04571 (Lipin_N); PF08235 (LNS2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010853

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794514.1
2 Endosome 内体 0.40000 XP_057794513.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057794513.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057794515.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057794514.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61208224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:61208982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B122
Chr2:61209315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr2:61209335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B122
Chr2:61209855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:61209983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C28
Chr2:61209986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:61210846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C2
Chr2:61210885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:61211098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:61211165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:61211202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794513.1
951 aa
N
1
476
951
Lipin_N
LNS2
C
PF04571 Lipin_N 1-97 aa PF08235 LNS2 701-926 aa
XP_057794514.1
802 aa
N
1
401
802
Lipin_N
LNS2
C
PF04571 Lipin_N 1-97 aa PF08235 LNS2 701-778 aa
XP_057794515.1
798 aa
N
1
399
798
Lipin_N
LNS2
C
PF04571 Lipin_N 1-97 aa PF08235 LNS2 701-788 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794513.1 Pfam PF04571 Lipin_N Family 1 97 7.7e-31 106.9 lipin, N-terminal conserved region
XP_057794513.1 Pfam PF08235 LNS2 Domain 701 926 1.8e-93 312.8 LNS2 (Lipin/Ned1/Smp2)
XP_057794514.1 Pfam PF04571 Lipin_N Family 1 97 6.2e-31 107.2 lipin, N-terminal conserved region
XP_057794514.1 Pfam PF08235 LNS2 Domain 701 778 6.2e-28 98.5 LNS2 (Lipin/Ned1/Smp2)
XP_057794515.1 Pfam PF04571 Lipin_N Family 1 97 6e-31 107.3 lipin, N-terminal conserved region
XP_057794515.1 Pfam PF08235 LNS2 Domain 701 788 1.3e-32 113.8 LNS2 (Lipin/Ned1/Smp2)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938530.1
AAATCAGCCCCAAAAATTACCCGGAAGAAAAAGAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAACTCCTGATTCGACCAATTGTCCTCTAATTTCTCTCTCTTGCAAATCATGGAAACCTCCAGCACCTCCTTCTTCGTTCTGGAAAATTTTCATGGCATGCAATGTCTTTGTCTGCGTGTTTTATGTTAATCTATCTGCAAACGTAACTGTCATTTTTAATTTTGAAAATTTCCAATTTTCAAATGGTTTCGTGAGGGAGTGGGGTCG...
XM_057938531.1
AAATCAGCCCCAAAAATTACCCGGAAGAAAAAGAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAACTCCTGATTCGACCAATTGTCCTCTAATTTCTCTCTCTTGCAAATCATGGAAACCTCCAGCACCTCCTTCTTCGTTCTGGAAAATTTTCATGGCATGCAATGTCTTTGTCTGCGTGTTTTATGTTAATCTATCTGCAAACGTAACTGTCATTTTTAATTTTGAAAATTTCCAATTTTCAAATGGTTTCGTGAGGGAGTGGGGTCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010853
ATGCAAGCTGTGGGGAAGATAGGTAGCTACATTAGTAAGAGTGTGTACACGGTTTCCGGGACTTTCCATCCGTTTGGTGGCGCTGTAGACATAATCGTGGTGGAGCAACCGGATGGGAGCTACAAGTCTTCGCCATGGTATGTTCGATTTGGGAAGTTTCAGGGGGTGTTGAAGTCGAAAGAGAAGGTGGTTGGCATTAGTGTGAATGATGTTGAGGCGGATTTTCATATGCACTTGGATAGTAAAGGAGAGGCATTCTT...
LOC131010853
ATGCAAGCTGTGGGGAAGATAGGTAGCTACATTAGTAAGAGTGTGTACACGGTTTCCGGGACTTTCCATCCGTTTGGTGGCGCTGTAGACATAATCGTGGTGGAGCAACCGGATGGGAGCTACAAGTCTTCGCCATGGTATGTTCGATTTGGGAAGTTTCAGGGGGTGTTGAAGTCGAAAGAGAAGGTGGTTGGCATTAGTGTGAATGATGTTGAGGCGGATTTTCATATGCACTTGGATAGTAAAGGAGAGGCATTCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794513.1
MQAVGKIGSYISKSVYTVSGTFHPFGGAVDIIVVEQPDGSYKSSPWYVRFGKFQGVLKSKEKVVGISVNDVEADFHMHLDSKGEAFFMQEVDVEEGESAASPPYSSGEDTEGQPRWPLKSKSCNYDSSVYEPIVSERKSLTRANTRQSQFFGFFGRRSPTEEADQGKENAPDVNIEGSLEVAEMAADLLDLRWSTNLASPKCKRDNSAPLPDADALIKVIKKSSLADGSSHDEIRLISQTSYRELKSNAEANGVKMECVT...
XP_057794514.1
MQAVGKIGSYISKSVYTVSGTFHPFGGAVDIIVVEQPDGSYKSSPWYVRFGKFQGVLKSKEKVVGISVNDVEADFHMHLDSKGEAFFMQEVDVEEGESAASPPYSSGEDTEGQPRWPLKSKSCNYDSSVYEPIVSERKSLTRANTRQSQFFGFFGRRSPTEEADQGKENAPDVNIEGSLEVAEMAADLLDLRWSTNLASPKCKRDNSAPLPDADALIKVIKKSSLADGSSHDEIRLISQTSYRELKSNAEANGVKMECVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器