Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003915`

染色体: Chr02 坐标: 61238750-61244068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003915`
名称	SmilChr02G003915
描述	probable protein phosphatase 2C 12
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	61238750 - 61244068 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010856`
GeneID	`131010856`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010856`
原始查询	`SmilChr02G003915`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable protein phosphatase 2C 12
产物	probable protein phosphatase 2C 12
Arabidopsis	`AT1G47380` (AT1G47380) Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841141] identity=77.6; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0567200` (OsPP2C15) - identity=67.2; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00481 (PP2C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057794517.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057794517.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057794517.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057794518.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794517.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:61239553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:61239574`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:61239583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,B75,C5
`Chr2:61240074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:61240682`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr2:61240872`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:61241110`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C28
`Chr2:61242154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C53,C78
`Chr2:61242180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794517.1

431 aa

216

431

PP2C

PF00481 PP2C 58-279 aa

XP_057794518.1

430 aa

215

430

PP2C

PF00481 PP2C 58-279 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794517.1`	Pfam	`PF00481`	PP2C	Family	58	279	1.4e-32	114.1	Protein phosphatase 2C
`XP_057794518.1`	Pfam	`PF00481`	PP2C	Family	58	279	1.4e-32	114.1	Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938534.1
AGTATTATTTTCACAGCTCAGATTCCAGCTTTCTTATTTGCCGAACAAAAAAAGCATTTTCATTTCGGACAATGTCAATTGTCATTCGTCAAATCCTGCACATGACACAAAAATAATAATGCAAATAAAAATTATAAAAACACTTTGCAAACGCAAACAACAACAACAAAATTCCACACCTTACCCCCAAAGTTTATTCGTATTCTCATTATATTTAATTTAATTTAATAAATGATACCTCACACATTACATTTGATGCA...

XM_057938535.1
ATGTCAATTGTCATTCGTCAAATCCTGCACATGACACAAAAATAATAATGCAAATAAAAATTATAAAAACACTTTGCAAACGCAAACAACAACAACAAAATTCCACACCTTACCCCCAAAGTTTATTCGTATTCTCATTATATTTAATTTAATTTAATAAATGATACCTCACACATTACATTTGATGCAATTCTGCCCCCTCTAAAAATAGTAGTAGTAGCAATTTGCCGGACAGCTTCTTCAATTTACGCCCCCCACCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010856
ATGTTGTCTAAGAGTGGCGACCATCAGACAGTCCCTTTGTCCGTGTTGTTGAAGCGGGAGCTGGCGAATGAGAAGATCGAGAGGCCGGAGATAACGCATGGCCAGGCTAGTCAGAGCAAGAAAGGCGAGGACTTGACCTTTATCAAGACTGAATGTCAACGAGTCTTAGGCGATGGAGTCACCACATATTCTGTTTTTGCGTTATTTGATGGTCACAATGGATCTGCAGCTGCAATCTATTCGAAGGAGAATCTCTTGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794517.1
MLSKSGDHQTVPLSVLLKRELANEKIERPEITHGQASQSKKGEDLTFIKTECQRVLGDGVTTYSVFALFDGHNGSAAAIYSKENLLNNVLNAIPQDLNSEEWVAALPRALVAGFVKTDKDFQERAQTSGTTVTFVIIEGWVLTVASVGDSRGVLESAEGAIYYLSADHRLECSEEERERITASGGEVGRLNTGGGTEIGPLRCWPGGLCLSRSIGDMDVGEYIVPVPHVKQVKLSSTGGRLIISSDGVWDALSAETAFEC...

XP_057794518.1
MLSKSGDHQTVPLSVLLKRELANEKIERPEITHGQASQSKKGEDLTFIKTECQRVLGDGVTTYSVFALFDGHNGSAAAIYSKENLLNNVLNAIPQDLNSEEWVAALPRALVAGFVKTDKDFQERAQTSGTTVTFVIIEGWVLTVASVGDSRGVLESAEGAIYYLSADHRLECSEEERERITASGGEVGRLNTGGGTEIGPLRCWPGGLCLSRSIGDMDVGEYIVPVPHVKQVKLSSTGGRLIISSDGVWDALSAETAFEC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器