Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003921`

染色体: Chr02 坐标: 61285704-61287386 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003921`
名称	SmilChr02G003921
描述	uncharacterized SmilChr02G003921
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	61285704 - 61287386 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010862`
GeneID	`131010862`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010862`
原始查询	`SmilChr02G003921`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826604]; symbol=AT4G10130; hit=AT4G10130; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826604]; symbol=AT4G10130; hit=AT4G10130; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G10130` (AT4G10130) DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826604] identity=42.9; qcov=0.994; evalue=3.86e-44; confidence=medium
Rice	`Os09g0460000` (OsDjC68) - identity=47.3; qcov=0.938; evalue=2.37e-43; confidence=medium
GO	GO:0002098 (tRNA wobble uridine modification); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0017183 (protein histidyl modification to diphthamide); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00226 (DnaJ); PF05207 (Zn_ribbon_CSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010862

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794529.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057794529.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057794529.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794529.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794529.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:61286772`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr2:61286860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:61286898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794529.1

176 aa

176

DnaJ

Zn_ribbon_CSL

PF00226 DnaJ 11-77 aa PF05207 Zn_ribbon_CSL 93-170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794529.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	11	77	5e-16	59.3	DnaJ domain
`XP_057794529.1`	Pfam	`PF05207`	Zn_ribbon_CSL	Domain	93	170	2.6e-09	37.4	CSL zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938546.1
TTACCTGTTAATCGGTTCAAGTGACTAATGAGTGGAATATGAATGTTTGGGTCTAATATTATCGATAATCAATCTGTGTAATCGATTATCTCCATTAATAATTTAAAAATATTTTATAATTTATACTCGATTTTATAATTTTTATTAGTAAAACAAAACTAATTTAATTATACCCTTTACTACAATTTCTGATAAACGGGGAGAAGAAGAAGAAGCCACCACTCGCGCCACCACCGCCTCAGCCGCCGTCCCTGACCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010862
ATGATAAGGAGCCACAACTTGGGCTGCAGAACCCATTATGAGACCATTGGCGTGAAGGAAGATGCAAGCCAAGACGAAATCCGTAAAACTTATCGATCTGCCATTCTCGCTTTCCATCCAGATAAACGGCTGGACTCATCAAATCCCCAAAACAACCTAGGGCGCGAGTTTCTCGAAGTGCAGAGAGCGTGGGGAGTGCTCGGTGATCCGGGATCACGGGCCCTCTATGATCAGGAATTGAGAACGTTGAGACAGGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794529.1
MIRSHNLGCRTHYETIGVKEDASQDEIRKTYRSAILAFHPDKRLDSSNPQNNLGREFLEVQRAWGVLGDPGSRALYDQELRTLRQEAVGAEDVSIGDMMVVEEEDEDGGSFELSYQCRCGDFFSVSSCELDEMGYQFSRIQGEISLHSPSSLPVSIVLPCGSCSLKVRLVIDANVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器