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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003935

染色体: Chr02 坐标: 61412549-61416272 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003935
名称SmilChr02G003935
描述14-3-3 protein 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61412549 - 61416272 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010912
GeneID131010912
locus_tag-
NCBI NameLOC131010912
原始查询SmilChr02G003935

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述14-3-3 protein 2
产物14-3-3 protein 2
ArabidopsisAT1G78300 (GRF2)
ral regulatory factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844165]
identity=86.7; qcov=0.988; evalue=2.25e-163; confidence=high
RiceOs08g0430500 (GF14C)
-
identity=83.9; qcov=0.985; evalue=1.36e-158; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction)
KEGGsmil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00244 (14-3-3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010912

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794603.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794603.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057794603.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794603.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794603.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61412912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B128,C41
Chr2:61412924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:61413296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:61413538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:61415588 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr2:61415588 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr2:61415735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794603.1
259 aa
N
1
130
259
14-3-3
C
PF00244 14-3-3 10-235 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794603.1 Pfam PF00244 14-3-3 Repeat 10 235 1.3e-105 352.7 14-3-3 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938620.1
ATTGCTGCTGTCAATTGGTACAATTATTAATCATATTTGATTTGATTTGATGGGTGTGTTTGTGAGAGTGTGGTGGCGGTGATAGGGAGAGAGAGAGGAAAAGAGAGAAAAAAGGGTGTGGCCCACAGCACGTCATTGGAAGCACCGCGTCGCCAGCAAGAGTTTTCCAAACTCCAGCTCACAAAAAATCCTAAATCCCCTCTCTTCCTCTCATTTCAAAACCACTTCCCCCTCTTTTCCATTTATTCCTTCATCTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010912
ATGGCGCCGCGAGAGGAGAATGTCTACATGGCCAAGCTGGCCGAGCAGGCCGAGCGCTACGAGGAAATGGTGGAGTACATGGAGAAAGTGTCCACGTCGCTCGAGGACAAGGAGGAGCTCACCGTGGAGGAGCGCAACCTGCTCTCCGTAGCCTACAAGAACGTCATCGGCGCGCGCCGGGCGTCGTGGCGGATCATCTCCTCGATCGAGCAGAAGGAGGAGTCCCGGGGCAATGAGGACCACGTCACCACCATCAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794603.1
MAPREENVYMAKLAEQAERYEEMVEYMEKVSTSLEDKEELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASWRIISSIEQKEESRGNEDHVTTIKEYRSKIEAELSKICEGILKLLDDRLIPSAGTGDSKVFYLKMKGDYHRYLAEFKTAAERKEAAESTLNAYKAAQDIANTELAPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPDRACNLAKQAFDEAIAELDTLGEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQDDGADDIKEAPKPEEAAAQQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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