当前解析结果
SmilChr02G003941| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003941 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003941 |
| 描述 | 14-3-3 protein 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 61556392 - 61633213 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010909 |
|---|---|
| GeneID | 131010909 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010909 |
| 原始查询 | SmilChr02G003941 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 14-3-3 protein 7 |
| 产物 | 14-3-3 protein 7 |
| Arabidopsis | AT1G34760 (GRF11)ral regulatory factor 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840380] identity=84.9; qcov=0.968; evalue=1.24e-153; confidence=high |
| Rice | Os08g0430500 (GF14C)- identity=70.9; qcov=1; evalue=2.14e-127; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction) |
| KEGG | smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00244 (14-3-3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010909 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057794597.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057794597.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057794597.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794597.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794597.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:61632399 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B8,B95,C14,C71 |
Chr2:61632840 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr2:61632917 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 47 | A14,A2,A20,A21,A25,A7,A8,B112,B114,B115,B12,B121,B124,B136,B14,B17,B22,B37,B4,B50,B56,B62,B64,B66,B67,B7,B79,B81,B85,B96,C11,C18,C31,C33,C35,C36,C43,C46,C5,C52,C57,C69,C71,C76,C80,D4,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794597.1PF00244
14-3-3 11-233 aa
XP_057794598.1PF00244
14-3-3 11-233 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794597.1 |
Pfam | PF00244 |
14-3-3 | Repeat | 11 | 233 | 1.2e-106 | 356.0 | 14-3-3 protein |
XP_057794598.1 |
Pfam | PF00244 |
14-3-3 | Repeat | 11 | 233 | 8.8e-107 | 356.5 | 14-3-3 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。