当前解析结果
SmilChr02G003948| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003948 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003948 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G003948 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 61643358 - 61646324 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010918 |
|---|---|
| GeneID | 131010918 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010918 |
| 原始查询 | SmilChr02G003948 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835988]; symbol=AT5G58740; hit=AT5G58740; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835988]; symbol=AT5G58740; hit=AT5G58740; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G58740 (AT5G58740)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835988] identity=86; qcov=0.994; evalue=8.15e-104; confidence=high |
| Rice | Os01g0668000 (P0014E08.4-1)- identity=81.5; qcov=0.994; evalue=5.35e-100; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0051082 (GO:0051082) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04969 (CS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010918 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794608.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057794608.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057794608.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057794608.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057794608.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:61644025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:61644400 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B70,C87 |
Chr2:61644408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,D3 |
Chr2:61646007 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794608.1PF04969
CS 21-93 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794608.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 21 | 93 | 2e-20 | 74.3 | CS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。