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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003948

染色体: Chr02 坐标: 61643358-61646324 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003948
名称SmilChr02G003948
描述uncharacterized SmilChr02G003948
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61643358 - 61646324 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010918
GeneID131010918
locus_tag-
NCBI NameLOC131010918
原始查询SmilChr02G003948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835988]; symbol=AT5G58740; hit=AT5G58740; species=arabidopsis; confidence=high
产物HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835988]; symbol=AT5G58740; hit=AT5G58740; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G58740 (AT5G58740)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835988]
identity=86; qcov=0.994; evalue=8.15e-104; confidence=high
RiceOs01g0668000 (P0014E08.4-1)
-
identity=81.5; qcov=0.994; evalue=5.35e-100; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF04969 (CS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010918

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794608.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057794608.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794608.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794608.1
5 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057794608.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61644025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:61644400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C87
Chr2:61644408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,D3
Chr2:61646007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794608.1
158 aa
N
1
79
158
CS
C
PF04969 CS 21-93 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794608.1 Pfam PF04969 CS Domain 21 93 2e-20 74.3 CS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938625.1
CTTACCTGAATAGAATACCGGGTAATCGCGTGGAGTAGGCTGGATCATTTGAAAAAGTTTTAGGGTATTTATGCAATTTACAAAATATTAGGGACTCATTGTAATTTGTAATAACCACAGTTAAAGGTGCCAAATATATAAACCAACCTCATGGGGTCTAAATGAAATTAACCCTAAATTCTAGAATCAAAGCCCCAATTCATCACTGCGAATCACACGCCCAATTCCGCTTCACCGTGACCGTCACCTTTTCCGCTGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010918
ATGGCTGAGAAATTAGCTCCTGAGAAAAGCCACAGCTACATTCACAACGGACAAAAGGTGTTCGACTGGGATCAAACGCTAGAAGAGGTGAATATGTACATAGAGCTTCCAGCTAACGTTCCAAAGAAGTTATTCCACTGCAAAATTGATTCCAAGCATGTTGAAGTTGGGATCAAAGGGAATCCACCCTACCTTAATCACGACCTTGCTTTCCCGGTGAAGACGGATTGTTCCTTTTGGACTCTTGAAGACAATATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794608.1
MAEKLAPEKSHSYIHNGQKVFDWDQTLEEVNMYIELPANVPKKLFHCKIDSKHVEVGIKGNPPYLNHDLAFPVKTDCSFWTLEDNMMHITLQKRDKGQTWSSPIMGQAQLDPYAADLEQRRLMLQRFQEENPGFDFSQAQFSGNCPDPRTFMGGIRSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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