Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003952`

染色体: Chr02 坐标: 61681594-61682520 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003952`
名称	SmilChr02G003952
描述	uncharacterized SmilChr02G003952
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	61681594 - 61682520 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010923`
GeneID	`131010923`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010923`
原始查询	`SmilChr02G003952`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057794616.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057794615.1`
3	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.60000	`XP_057794616.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057794615.1`
5	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057794616.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:61681765`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	67	A14,A20,A25,A9,B101,B104,B106,B108,B109,B119,B12,B120,B121,B124,B134,B136,B138,B14,B18,B22,B27,B34,B38,B39,B4,B40,B50,B63,B66,B67,B7,B73,B79,B81,B83,B89,C13,C17,C18,C21,C23,C29,C31,C35,C38,C39,C4,C43,C46,C5,C50,C53,C56,C57,C59,C6,C64,C66,C70,C71,C72,C76,C78,C80,C84,D7,D8
`Chr2:61681770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr2:61682121`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	190	A1,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B128,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B17,B18,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B29,B3,B30,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B58,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B89,B90,B92,B94,B95,B96,B98,C10,C11,C13,C14,C17,C18,C2,C21,C23,C24,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C43,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C76,C78,C80,C82,C83,C84,C86,C87,C9,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr2:61682131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr2:61682257`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B102,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938633.1
GCCCACAAAGGCCACAGCACCACACATGATTTTCTCATCCCCAATTACTAATACAAAATCCTTTTTGATGAAAAATACAAAATCTTTTTAGAAAAAAGGTCAAATGTAATTTGTAGCTTGACCGTATTTAACCCGTTCAAAAATCAAACCACCCCATCTTTTCCCTCGCAGTCGCAGCCTCGCTCCACTTCAAAACTTAAGAGAGAGAGAGTAATGATGGAGAAGATTAGTGAGGATCTGCAATCGGAGAAGCTGAAGTC...

XM_057938632.1
ACCACACATGATTTTCTCATCCCCAATTACTAATACAAAATCCTTTTTGATGAAAAATACAAAATCTTTTTAGAAAAAAGGTCAAATGTAATTTGTAGCTTGACCGTATTTAACCCGTTCAAAAATCAAACCACCCCATCTTTTCCCTCGCAGTCGCAGCCTCGCTCCACTTCAAAACTTAAGAGAGAGAGAGTAATGATGGAGAAGATTAGTGAGGATCTGCAATCGGAGAAGCTGAAGTCACAGACTGCAATTCGTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010923
ATGATGGAGAAGATTAGTGAGGATCTGCAATCGGAGAAGCTGAAGTCACAGACTGCAATTCGTTGCGCGAAAGCTGCGATGCTGCTGTCTTCCCTCAAAAACGCCACAAAAGCTTTAACCACCGATGTTCCCCAACTCCAGGATGAATTGAAGATTGAGAAGTTGATGTTCGAGTTGGCGAAGGAGAAGCAGAAGCTGAAGAAGTTGAGGAATTGGATCCGAATTTCAATACTCTTTTACTTTATAGTTCTGTTCATCTA...

LOC131010923
ATGATGGAGAAGATTAGTGAGGATCTGCAATCGGAGAAGCTGAAGTCACAGACTGCAATTCGTTGCGCGAAAGCTGCGATGCTGCTGTCTTCCCTCAAAAACGCCACAAAAGCTTTAACCACCGATGTTCCCCAACTCCAGGTCTATTGCACACACACAGACAACAAACTATATGCGTTCCAAGTTCAAGATGAATTGAAGATTGAGAAGTTGATGTTCGAGTTGGCGAAGGAGAAGCAGAAGCTGAAGAAGTTGAGGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794615.1
MMEKISEDLQSEKLKSQTAIRCAKAAMLLSSLKNATKALTTDVPQLQVYCTHTDNKLYAFQVQDELKIEKLMFELAKEKQKLKKLRNWIRISILFYFIVLFIYPIFLIFL

XP_057794616.1
MMEKISEDLQSEKLKSQTAIRCAKAAMLLSSLKNATKALTTDVPQLQDELKIEKLMFELAKEKQKLKKLRNWIRISILFYFIVLFIYPIFLIFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器