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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003964

染色体: Chr02 坐标: 61791360-61794885 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003964
名称SmilChr02G003964
描述serine/arginine-rich splicing factor SC35
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61791360 - 61794885 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010910
GeneID131010910
locus_tag-
NCBI NameLOC131010910
原始查询SmilChr02G003964

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/arginine-rich splicing factor SC35
产物serine/arginine-rich splicing factor SC35
ArabidopsisAT5G64200 (SC35)
serine/arginine-rich splicing factor-like protein, putative [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836541]
identity=87.6; qcov=0.443; evalue=1.42e-63; confidence=low
RiceOs07g0623300 (P0524E08.112)
-
identity=73.8; qcov=0.595; evalue=4.57e-62; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794599.1
2 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057794599.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057794599.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794599.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794599.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61792423 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr2:61792423 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 A2
Chr2:61792439 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 60 A13,A15,A16,A23,A4,A9,B1,B10,B102,B105,B11,B113,B117,B118,B120,B121,B123,B128,B134,B135,B23,B25,B28,B41,B45,B46,B47,B5,B52,B58,B6,B76,B77,B8,B80,B82,B83,B84,B85,C1,C13,C15,C24,C30,C36,C41,C47,C51,C54,C56,C59,C61,C63,C65,C73,C74,C77,C84,C9,D2
Chr2:61792481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B18,B22,B27,B89
Chr2:61792546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B37,B50,C76,D8
Chr2:61792611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B8,C15,C36,C77
Chr2:61792642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:61792808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:61792851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,C54,C56,C65
Chr2:61792876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:61792885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:61792948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794599.1
278 aa
N
1
139
278
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 18-87 aa
XP_057794600.1
261 aa
N
1
130
261
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 18-87 aa
XP_057794601.1
237 aa
N
1
118
237
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 18-87 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794599.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 18 87 2.1e-20 73.1 RNA recognition motif
XP_057794600.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 18 87 1.9e-20 73.2 RNA recognition motif
XP_057794601.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 18 87 1.6e-20 73.5 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096695.1
ATTTCGGGTAGCTGCCACAGGGGCAAAATCGTCCGAACAGGGCACTCCAGAAATGATCTGCCGCAGGGGCAAAATCGTCCGAACAGGTCACCTCCAGAAATGATCTAGCGAATTCTATCGTTAAAAAGAGGAGTAGAAAAGCCTCCCAAATTTCCCTCAAAATTATAGAAAAGGAAAAAGGCTCCAAATTCCAAACCCTAATTCTTCTCTCTTCATCGCCGATCCAAGAAATGTCGCACTTCGGAAGATCTGGACCGCCG...
XR_009096696.1
AGCGAATTCTATCGTTAAAAAGAGGAGTAGAAAAGCCTCCCAAATTTCCCTCAAAATTATAGAAAAGGAAAAAGGCTCCAAATTCCAAACCCTAATTCTTCTCTCTTCATCGCCGATCCAAGAAATGTCGCACTTCGGAAGATCTGGACCGCCGGACATCAGAGACACCTTCTCTCTCCTCGTCCTCAACATTACTTTCCGTACTACAGCTGATGACTTGTTCCCCCTATTTGATAAGTATGGCAAGGTGGTCGATGTGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010910
ATGTCGCACTTCGGAAGATCTGGACCGCCGGACATCAGAGACACCTTCTCTCTCCTCGTCCTCAACATTACTTTCCGTACTACAGCTGATGACTTGTTCCCCCTATTTGATAAGTATGGCAAGGTGGTCGATGTGTTCATTCCTCGAGACAGGAGAACTGGAGACTCCAGGGGTTTTGCATTTGTGCGATATAAGTATCAAGATGAGGCTCAAAAGGCAGTTGAAAAGCTCGATGGAAGAGTTGTTGATGGGCGAGAAAT...
LOC131010910
ATGTCGCACTTCGGAAGATCTGGACCGCCGGACATCAGAGACACCTTCTCTCTCCTCGTCCTCAACATTACTTTCCGTACTACAGCTGATGACTTGTTCCCCCTATTTGATAAGTATGGCAAGGTGGTCGATGTGTTCATTCCTCGAGACAGGAGAACTGGAGACTCCAGGGGTTTTGCATTTGTGCGATATAAGTATCAAGATGAGGCTCAAAAGGCAGTTGAAAAGCTCGATGGAAGAGTTGTTGATGGGCGAGAAAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794599.1
MSHFGRSGPPDIRDTFSLLVLNITFRTTADDLFPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYQDEAQKAVEKLDGRVVDGREIMVQFAKYGPNAERIDKGRIEEPVYKSRGKSRSRSPRPRGDDRDRDYRRSSQSRSRGRSERESHRGRHRDSSYRSRSRSRSRSRSASPGYRRERGRGKYDDGERRRRSRSYESASPVRRSLSPQRSPSPKKSPLSRDGSPDVRNHKERSATPPKSVSPRGRRDSRSPSPHDEVD...
XP_057794600.1
MSHFGRSGPPDIRDTFSLLVLNITFRTTADDLFPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYQDEAQKAVEKLDGRVVDGREIMVQFAKYGPNAERIDKGRIEEPVYKSRGKSRSRSPRPRGDDRDRDYRRSSQSRSRGRSERESHRGRHRDSSYRSRSRSRSRSRSASPGYRRERGRGKYDDGERRRRSRSYESASPVRRSLSPQRSPSPKKSPLSRDGSPDVRNHKERSATPPKSVSPRGRRDSRSPSPHDEVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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