Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003971

染色体: Chr02 坐标: 61879309-61880085 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003971
名称SmilChr02G003971
描述uncharacterized SmilChr02G003971
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61879309 - 61880085 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009849
GeneID131009849
locus_tag-
NCBI NameLOC131009849
原始查询SmilChr02G003971

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=25.2; qcov=0.822; evalue=6.66e-13; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=31.9; qcov=0.768; evalue=1.21e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793237.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057793237.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057793237.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793237.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793237.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61879339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B84,B99,C44
Chr2:61879389 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B30,C47,C5,C59
Chr2:61879389 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 4 B30,C47,C5,C59
Chr2:61879391 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B30,C47,C5,C59
Chr2:61879391 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 4 B30,C47,C5,C59
Chr2:61879399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B16,B37,B79
Chr2:61879417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B72,C15,C36,C83
Chr2:61879433 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B27
Chr2:61879433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr2:61879434 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B110,C36
Chr2:61879434 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B110,C36
Chr2:61879438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B5,B72,C15,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937254.1
ATGTCCCATCTCACTTATCTAAAAGCAGAAGGGAGGCCAGGAGGGATTTTAACTGTGTGGAATCCTTCGCGGTTTGCATGCTCTAGCCATTGGGACATCCCGGGTGCACTGATTGTGAATGGAAGATGGAATCCAGATAGAGAGGAATTGTGGAATTCTATTGGTTTGGTGGTTGATCAGAATAGAGAGTCTTGTGTTTGTATTGGTGGGGATTTTAACTCTGTTAGATCTAGATCAGAAAGAATGGGAAGAGGCAGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009849
ATGTCCCATCTCACTTATCTAAAAGCAGAAGGGAGGCCAGGAGGGATTTTAACTGTGTGGAATCCTTCGCGGTTTGCATGCTCTAGCCATTGGGACATCCCGGGTGCACTGATTGTGAATGGAAGATGGAATCCAGATAGAGAGGAATTGTGGAATTCTATTGGTTTGGTGGTTGATCAGAATAGAGAGTCTTGTGTTTGTATTGGTGGGGATTTTAACTCTGTTAGATCTAGATCAGAAAGAATGGGAAGAGGCAGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793237.1
MSHLTYLKAEGRPGGILTVWNPSRFACSSHWDIPGALIVNGRWNPDREELWNSIGLVVDQNRESCVCIGGDFNSVRSRSERMGRGSHFSARDIQSFDCFIRGNGLVDVRLQGRNFTWYQPQGLCKSKLDRFLVNEKWVSVEPQTKVRGLHRTVSDHCPILLETNYVDWGPKPFRFINAWVNHPDFERVVRESWNRNDFSGWKCYVFKEKLKRLKEDLKKWNKESFGSIDQNLEKLKTEINE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器