Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003979`

染色体: Chr02 坐标: 62055517-62057055 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003979`
名称	SmilChr02G003979
描述	glutathione S-transferase F9-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62055517 - 62057055 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010914`
GeneID	`131010914`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010914`
原始查询	`SmilChr02G003979`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase F9-like
产物	glutathione S-transferase F9-like
Arabidopsis	`AT2G30860` (GSTF9) glutathione S-transferase PHI 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817636] identity=56.8; qcov=0.991; evalue=3.87e-91; confidence=high
Rice	`Os03g0135300` (OsGSTF3) - identity=42.1; qcov=0.995; evalue=6.06e-60; confidence=medium
GO	GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0043295 (glutathione binding)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010914

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057794605.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794605.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794605.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794605.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794605.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62056484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B26
`Chr2:62056745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C44,C70
`Chr2:62056778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C53,C78
`Chr2:62056899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794605.1

215 aa

108

215

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

GST_C

GST_C_3

PF02798 GST_N 1-74 aa PF13417 GST_N_3 10-78 aa PF13409 GST_N_2 14-75 aa PF00043 GST_C 111-202 aa PF14497 GST_C_3 136-206 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794605.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	1	74	2.9e-14	53.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057794605.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	10	78	1.7e-12	48.2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057794605.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	14	75	6.4e-12	46.6	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057794605.1`	Pfam	`PF00043`	GST_C	Domain	111	202	1.7e-11	44.9	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
`XP_057794605.1`	Pfam	`PF14497`	GST_C_3	Domain	136	206	1.8e-05	25.6	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938622.1
GTGTCATGAGTGACGGTAAAATATTGAAATATGACAAAGGTAGATACGAGATTGCGATAAGACTCCCTTTTTTAGTATAAAATTCCACCGTTTCACTCCTTTTTGTGCATCACAAGAAAAAAACAGGAAAAAAATTATATGAGCAAAAATGGTGGTGAAGGTGTACGGACCAGCCTACGCTTCTCCTAAGAGAGTAATCCTCTGTTTGATCGAAAAGGAGATCGACTACGAGGTTGTCCACGTTGACCTCTTTAAAGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010914
ATGGTGGTGAAGGTGTACGGACCAGCCTACGCTTCTCCTAAGAGAGTAATCCTCTGTTTGATCGAAAAGGAGATCGACTACGAGGTTGTCCACGTTGACCTCTTTAAAGGCGAGCATAGATCTCCTCACTATCTTCAGCTGCAGCCTTTTGGAGTTCTTCCTGTTATTGAGGATGGAGACTACAAGTTATATGAATCAAGAGCCATCATAAGATACTATGCAGAGAAATATAGGTGTCAAGGTAGTGAGCTATTAGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794605.1
MVVKVYGPAYASPKRVILCLIEKEIDYEVVHVDLFKGEHRSPHYLQLQPFGVLPVIEDGDYKLYESRAIIRYYAEKYRCQGSELLGNTIEERGLIEQWLEVEAHNLQPPLYDLVVQLLINPKMGITPDPERIREDEEKLAKTLDVYEERLSRSKYLGGDGFSLADLSNIPFGNYLMSSLKKEYMIRDRKNVSRWWDDISSRPSWKKLLQLHPYVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器