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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003984

染色体: Chr02 坐标: 62093325-62103782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003984
名称SmilChr02G003984
描述helicase sen1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62093325 - 62103782 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010866
GeneID131010866
locus_tag-
NCBI NameLOC131010866
原始查询SmilChr02G003984

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述helicase sen1-like
产物helicase sen1-like
ArabidopsisAT4G30100 (AT4G30100)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829133]
identity=63.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0118900
-
identity=75.3; qcov=0.113; evalue=4.87e-74; confidence=weak
GOGO:0004386 (helicase activity)
KEGG-
PfamPF13086 (AAA_11); PF13087 (AAA_12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010866

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794535.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794535.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794535.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794535.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794535.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62095232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:62095405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:62095494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:62095515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:62095516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B128,C41
Chr2:62095617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr2:62095654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:62095661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:62095685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,C75,D1
Chr2:62095691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B52,D11
Chr2:62095739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:62095811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B35,C10,C36,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794535.1
1297 aa
N
1
648
1297
AAA_11
AAA_12
C
PF13086 AAA_11 684-1029 aa PF13087 AAA_12 1036-1232 aa
XP_057794536.1
1297 aa
N
1
648
1297
AAA_11
AAA_12
C
PF13086 AAA_11 684-1029 aa PF13087 AAA_12 1036-1232 aa
XP_057794537.1
1297 aa
N
1
648
1297
AAA_11
AAA_12
C
PF13086 AAA_11 684-1029 aa PF13087 AAA_12 1036-1232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794535.1 Pfam PF13086 AAA_11 Domain 684 1029 6.9e-62 210.3 AAA domain
XP_057794535.1 Pfam PF13087 AAA_12 Domain 1036 1232 6e-62 209.4 AAA domain
XP_057794536.1 Pfam PF13086 AAA_11 Domain 684 1029 6.9e-62 210.3 AAA domain
XP_057794536.1 Pfam PF13087 AAA_12 Domain 1036 1232 6e-62 209.4 AAA domain
XP_057794537.1 Pfam PF13086 AAA_11 Domain 684 1029 6.9e-62 210.3 AAA domain
XP_057794537.1 Pfam PF13087 AAA_12 Domain 1036 1232 6e-62 209.4 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096689.1
TCTCTCAGTCGCATCTCTCTCTCTTTCTCTCGCCGCCTATAGATACAAGTATACGTACAGAACCACTAATATCTGTCACACATAAAATTTAGCAATTACTATATTCAATTTTTGTTATTATTATATATTTTTTTCCCTCTCTCTCTAGATTTGGTATCCTTTTGAGAAGGTGCTTTTGTTGTTTATGTGGCAATTCACAAGGTCTGAATATATCTGCTGATTCCCACTTTGATGAGCTTGTAGTGCTTGCTTTCGACTAG...
XR_009096688.1
TCTCTCAGTCGCATCTCTCTCTCTTTCTCTCGCCGCCTATAGATACAAGTATACGTACAGAACCACTAATATCTGTCACACATAAAATTTAGCAATTACTATATTCAATTTTTGTTATTATTATATATTTTTTTCCCTCTCTCTCTAGATTTGGTATCCTTTTGAGGTGCTTTTGTTGTTTATGTGGCAATTCACAAGGTCTGAATATATCTGCTGATTCCCACTTTGATGAGCTTGTAGTGCTTGCTTTCGACTAGATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010866
ATGGGTTCCAAAGGAAGGCTGCTATTTGATCTTAATGAACCACCTGCTGAAAATGAAGATGATAATGATAGTGTTGTTTGCTTCCAGCCTCAGAGGGCTATTCCTTCAATTACTGCACCAACCGACTTGTTTGTGGCATCTGCTGGTCCCCAAGGGATAGTAAATAACAATGCTTTCTCCCATGCTTCTTCTGTATCTGGTTTCCAGCCTTTCGTCAGGTCTAAATTTGTTCAGGGACTTGATGTTTCTGATGAAAAAAA...
LOC131010866
ATGGGTTCCAAAGGAAGGCTGCTATTTGATCTTAATGAACCACCTGCTGAAAATGAAGATGATAATGATAGTGTTGTTTGCTTCCAGCCTCAGAGGGCTATTCCTTCAATTACTGCACCAACCGACTTGTTTGTGGCATCTGCTGGTCCCCAAGGGATAGTAAATAACAATGCTTTCTCCCATGCTTCTTCTGTATCTGGTTTCCAGCCTTTCGTCAGGTCTAAATTTGTTCAGGGACTTGATGTTTCTGATGAAAAAAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794535.1
MGSKGRLLFDLNEPPAENEDDNDSVVCFQPQRAIPSITAPTDLFVASAGPQGIVNNNAFSHASSVSGFQPFVRSKFVQGLDVSDEKKSFMDALSNVASSSKSSNGQDMKASPIIQSGLLSVQDAEKEEGEWSDAEGSGDAYKRSVLREDSSGASDKQVLEKSSVEMIEINVHVAGADNISPNHGNVKNENGGPSEKNPETNDKKGDASMDGSEESAPMPKQREVRGIEANHALKYGNSIGKRHKLDQQKEAMLGKKRSRQ...
XP_057794536.1
MGSKGRLLFDLNEPPAENEDDNDSVVCFQPQRAIPSITAPTDLFVASAGPQGIVNNNAFSHASSVSGFQPFVRSKFVQGLDVSDEKKSFMDALSNVASSSKSSNGQDMKASPIIQSGLLSVQDAEKEEGEWSDAEGSGDAYKRSVLREDSSGASDKQVLEKSSVEMIEINVHVAGADNISPNHGNVKNENGGPSEKNPETNDKKGDASMDGSEESAPMPKQREVRGIEANHALKYGNSIGKRHKLDQQKEAMLGKKRSRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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