当前解析结果
SmilChr02G003988| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003988 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003988 |
| 描述 | FCS-Like Zinc finger 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 62133873 - 62135651 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010921 |
|---|---|
| GeneID | 131010921 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010921 |
| 原始查询 | SmilChr02G003988 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | FCS-Like Zinc finger 6-like |
| 产物 | FCS-Like Zinc finger 6-like |
| Arabidopsis | AT1G22160 (AT1G22160)senescence-associated family protein (DUF581) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838821] identity=42; qcov=1.12; evalue=4.88e-31; confidence=medium |
| Rice | Os08g0407600- identity=63.3; qcov=0.429; evalue=2.51e-22; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04570 (zf-FLZ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010921 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794612.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057794612.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794612.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794612.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794612.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:62134311 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr2:62134324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B52 |
Chr2:62134353 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B66,C49,C5 |
Chr2:62134386 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr2:62135367 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B140 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794612.1PF04570
zf-FLZ 58-107 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794612.1 |
Pfam | PF04570 |
zf-FLZ | Domain | 58 | 107 | 4.6e-25 | 87.5 | zinc-finger of the FCS-type, C2-C2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。