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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003988

染色体: Chr02 坐标: 62133873-62135651 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003988
名称SmilChr02G003988
描述FCS-Like Zinc finger 6-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62133873 - 62135651 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010921
GeneID131010921
locus_tag-
NCBI NameLOC131010921
原始查询SmilChr02G003988

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FCS-Like Zinc finger 6-like
产物FCS-Like Zinc finger 6-like
ArabidopsisAT1G22160 (AT1G22160)
senescence-associated family protein (DUF581) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838821]
identity=42; qcov=1.12; evalue=4.88e-31; confidence=medium
RiceOs08g0407600
-
identity=63.3; qcov=0.429; evalue=2.51e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04570 (zf-FLZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794612.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057794612.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794612.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794612.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794612.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62134311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:62134324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B52
Chr2:62134353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B66,C49,C5
Chr2:62134386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:62135367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794612.1
140 aa
N
1
70
140
zf-FLZ
C
PF04570 zf-FLZ 58-107 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794612.1 Pfam PF04570 zf-FLZ Domain 58 107 4.6e-25 87.5 zinc-finger of the FCS-type, C2-C2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938629.1
CGTCGGTTTCCCAAACAATAATGCAACTTTTCCTTTTTCCCCCAAAATGCAAACTCTTTTTCTTTAATATGATAAACAATTAAATTATTTTTTATTAAAAAAATAAACAAACGGCTCAGATTTTCCCCTCACCCAGCTTATATTCCCAGCTCTCACTCTTCTTCCCACCAGGCCACCACCTCTCTCTCTCTCTCTCATCTCCATTCTCACAGCCATATGAAAGGTATCCAGATATGCACACACTCGAATTTCTAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010921
ATGTCGCTGGGAAAGAGGGGGCGTCCGCCGATGAAGAGGAATTCGAGCATGACGGAATTCACGCTGGATCTCATCAACGGCGGAGGTGACGAACGCGTCTGCCCGCCGTTGAGTCCTCATCGCAACCCGTTCAGCGGCGCGTTCGCCGCCCCCTCTCACCGCCGCAGCTCGTCGGATTTTGTCGAAACCGCTAATTTCCTGAGAGCCTGCTCCCTCTGCAAGCGCCGCCTCATCTCCGGCCACGACATCTATATGTATAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794612.1
MSLGKRGRPPMKRNSSMTEFTLDLINGGGDERVCPPLSPHRNPFSGAFAAPSHRRSSSDFVETANFLRACSLCKRRLISGHDIYMYRGDSAFCSIECRQHQMTTDEWREKKCSMASKKDIATAAAVNHLPAAGESVAAGM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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