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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003992

染色体: Chr02 坐标: 62222187-62223521 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003992
名称SmilChr02G003992
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 24-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62222187 - 62223521 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010919
GeneID131010919
locus_tag-
NCBI NameLOC131010919
原始查询SmilChr02G003992

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 24-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 24-like
ArabidopsisAT4G08570 (AT4G08570)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826418]
identity=57.3; qcov=1.01; evalue=1.5e-53; confidence=high
RiceOs08g0403300
-
identity=51; qcov=1.03; evalue=1.28e-49; confidence=medium
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794609.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794609.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794609.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794609.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794609.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62223198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:62223219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B102,C84
Chr2:62223234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:62223252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B140,C17
Chr2:62223279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,C64,C66,C79
Chr2:62223306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B46,B98
Chr2:62223314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794609.1
149 aa
N
1
74
149
HMA
C
PF00403 HMA 31-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794609.1 Pfam PF00403 HMA Domain 31 86 8.5e-11 42.8 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938626.1
CCTATAAAAAGGCATGCAAGATAACTCCATTCCATATATCAATAGAAAAATCTGCATTGTTCATCGAAAACAATTTTGATAGCCAATCTCGAAAATCGCTGTAAATTTCTTTCCTCGACGAATCGGAAAGTAGGTTAAGATTTGACTTTATAAGAGAAGAAGAAAAATGGGAGTTGAAGGAACATTTGATTACATAGCTGATTTGATAAGCAGCACAAAGAGGAAGAAGAGAAAGCAGCTCAACACTGTTGATCTCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010919
ATGGGAGTTGAAGGAACATTTGATTACATAGCTGATTTGATAAGCAGCACAAAGAGGAAGAAGAGAAAGCAGCTCAACACTGTTGATCTCAAAGTTAGAATGGATTGTGAAGGCTGTGGAGAGAGAGTCAAGAATGTGCTCTCTAGCATGAAAGGAGCAAAATCAGTGACTGTAGACTGGAAACAACAAAAGGCAACGGTGTACGGATTTGTGGATGCTAAGAAGGTATTGAAGAAGGCGAAGTCGACGGGGAAGAAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794609.1
MGVEGTFDYIADLISSTKRKKRKQLNTVDLKVRMDCEGCGERVKNVLSSMKGAKSVTVDWKQQKATVYGFVDAKKVLKKAKSTGKKSEPWPYVPYGLIAHPYASGVYDKKAPANHVRGTDEPGVGTLNPVEEKYALMFSDDNPHACAIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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