Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004004`

染色体: Chr02 坐标: 62376363-62378688 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004004`
名称	SmilChr02G004004
描述	laccase-15-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62376363 - 62378688 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010941`
GeneID	`131010941`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010941`
原始查询	`SmilChr02G004004`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	laccase-15-like
产物	laccase-15-like
Arabidopsis	`AT5G48100` (TT10) Laccase/Diphenol oxidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834862] identity=57.2; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0749700` (OsLAC10) - identity=50.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0046274 (lignin catabolic process); GO:0048046 (apoplast); GO:0052716 (hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057794634.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794634.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794634.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794634.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794634.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62376525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:62376547`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr2:62376547`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	D10
`Chr2:62376732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C53,C78
`Chr2:62376855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:62376891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B35
`Chr2:62377050`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B50,C23
`Chr2:62377093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr2:62377257`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:62377399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B103,B127
`Chr2:62377399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B127
`Chr2:62377435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794634.1

562 aa

281

562

Cu-oxidase_3

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF07732 Cu-oxidase_3 36-146 aa PF00394 Cu-oxidase 159-310 aa PF07731 Cu-oxidase_2 412-544 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794634.1`	Pfam	`PF07732`	Cu-oxidase_3	Domain	36	146	1.9e-39	135.1	Multicopper oxidase
`XP_057794634.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	159	310	2.1e-36	126.1	Multicopper oxidase
`XP_057794634.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	412	544	1.2e-42	145.6	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938651.1
AATCTGTTTTTAACTCTATTAAACTTAATTTACCCTTTCACAAGACTATAAATTGCAGCAGTTCTTCAAAACCAAACAAAATCATAAACCAAAAAATTCAGTTAATTTCTTACAATCATGCTTCTGAAATATCACTGCAATATTTTACTTATCTTAATCGTTGCAAACTCCATCTGCGTAAAAGCATCCGACATTCGACGCTACAGCTTCGTTGTTAGGGAAGCTTTATACGAGAGATTATGTGAGAGAAAGTGGATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010941
ATGCTTCTGAAATATCACTGCAATATTTTACTTATCTTAATCGTTGCAAACTCCATCTGCGTAAAAGCATCCGACATTCGACGCTACAGCTTCGTTGTTAGGGAAGCTTTATACGAGAGATTATGTGAGAGAAAGTGGATTTTGACAGTGAACGGGAAATTCCCAGGCCCAAGCCTCAAGGTTCATGCAGGGGAGACCATAGTTGTGGACGTTCTGAACAGGGGAAATTACAATATTACCCTCCACTGGCACGGAGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794634.1
MLLKYHCNILLILIVANSICVKASDIRRYSFVVREALYERLCERKWILTVNGKFPGPSLKVHAGETIVVDVLNRGNYNITLHWHGVKQPRNPWADGPAYITQCPIQPGKRFSEKIIFSKEEGTLWWHAHSDWSRATVHGLIMVYPRPGGSYPFPKPDAEVPIILGEWWKEDVMKVLEEFVASGGQPRDSDAYTINGQPGELYPCSAPRRFVMKVDPGKTYLLRIVNADMNEILFFGVARHHLTVVGTDGCYTEPLTRGYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器