Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004011

染色体: Chr02 坐标: 62428456-62430502 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004011
名称SmilChr02G004011
描述cytochrome P450 78A7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62428456 - 62430502 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009853
GeneID131009853
locus_tag-
NCBI NameLOC131009853
原始查询SmilChr02G004011

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 78A7-like
产物cytochrome P450 78A7-like
ArabidopsisAT5G09970 (CYP78A7)
cytochrome P450, family 78, subfamily A, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830858]
identity=62.1; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0403000 (PLA1)
-
identity=58.4; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009853

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057793241.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057793241.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793241.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793241.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793241.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62428743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr2:62428752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B140,C17
Chr2:62428919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B48,B78,B89
Chr2:62428935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:62428986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B48,B89
Chr2:62429554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B91
Chr2:62429555 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B77,B80,D3
Chr2:62429555 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B77,B80,D3
Chr2:62429572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:62429770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:62429922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr2:62429953 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793241.1
539 aa
N
1
270
539
p450
C
PF00067 p450 70-509 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793241.1 Pfam PF00067 p450 Domain 70 509 4.4e-81 273.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937258.1
ATGGGATTGCCAAATACTTTTGAGGACGCACACTTATTGTTTTTTTCCCTGCCCGCAATTCTTGAAATCAAGAAAATTTGTGACATCAATATGGTGCTATTTTATGTTTTTGTTGGTTTTCTGATTTGTGGGGTCATCAGCTGGGCCTTATCATCCGGTGGGCCCGCATGGAAAAATGGGCGCTACAAAATGGGCCGCATTCCCATACCCGGGCCCAACGGGCTTCCCATTTTCGGCAGCTTATTCAGCTTGAGCCGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009853
ATGGGATTGCCAAATACTTTTGAGGACGCACACTTATTGTTTTTTTCCCTGCCCGCAATTCTTGAAATCAAGAAAATTTGTGACATCAATATGGTGCTATTTTATGTTTTTGTTGGTTTTCTGATTTGTGGGGTCATCAGCTGGGCCTTATCATCCGGTGGGCCCGCATGGAAAAATGGGCGCTACAAAATGGGCCGCATTCCCATACCCGGGCCCAACGGGCTTCCCATTTTCGGCAGCTTATTCAGCTTGAGCCGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793241.1
MGLPNTFEDAHLLFFSLPAILEIKKICDINMVLFYVFVGFLICGVISWALSSGGPAWKNGRYKMGRIPIPGPNGLPIFGSLFSLSRGLAHRKLACMASSHAAKRLMAFSLGSTPVVVTADTCIAREILTSPHFANRPIKESARQLMFSRAIGFAPDGTHWRMLRNIASTHLFAPKRILAHGGARGLECSVMLSAVANEQTLKGYVQLRKHLQAMSLNTIMEIVFGKRYNITEHDDEALELNELVGQGFELLGSFNWSDHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器