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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004012

染色体: Chr02 坐标: 62438104-62438445 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004012
名称SmilChr02G004012
描述uncharacterized oxidoreductase At4g09670-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62438104 - 62438445 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010946
GeneID131010946
locus_tag-
NCBI NameLOC131010946
原始查询SmilChr02G004012

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ord; symbol=Ord; hit=Os10g0403700; species=rice; confidence=medium
产物Ord; symbol=Ord; hit=Os10g0403700; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G09670 (AT4G09670)
Oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826553]
identity=43.2; qcov=0.982; evalue=1.06e-26; confidence=medium
RiceOs10g0403700 (Ord)
-
identity=50.5; qcov=0.982; evalue=1.38e-33; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010946

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057794636.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057794636.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057794636.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057794636.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794636.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62438128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:62438137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B37
Chr2:62438146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B45,C77
Chr2:62438158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B37
Chr2:62438187 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 51 A10,A14,A16,A20,B1,B119,B122,B123,B131,B133,B136,B137,B29,B30,B34,B51,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B66,B7,B72,B79,B82,B87,B9,B95,B96,C14,C23,C3,C30,C33,C36,C37,C4,C40,C43,C51,C52,C54,C67,C8,C82,C83,C86,C9,D11
Chr2:62438197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B37,D7
Chr2:62438200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr2:62438203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:62438243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,B86
Chr2:62438268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:62438273 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A9,B37,D7
Chr2:62438273 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 A9,B37,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938653.1
ATGGAGATAAGCGTTGTTGGTGTCAATGGATCCTTTCGTCTCCACGACTTTGTCATACCTTTTCAAGAGAACGTTGGAGCCTTCTATGTTAATGCCAACACCAAATTCGCCCCTCTATCCATAGGGATCGAGCCCGAGCCAACAAAGCGTGTTTCTCGGGCCGACCTACCCCAGGAGGCCCTAATGGTGAAGGAGTTTGGCTCCTTGGTGACCAAGATTAGAGACCATGGATTGGAGTGGGAGAAGAAGTGGCCTATTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010946
ATGGAGATAAGCGTTGTTGGTGTCAATGGATCCTTTCGTCTCCACGACTTTGTCATACCTTTTCAAGAGAACGTTGGAGCCTTCTATGTTAATGCCAACACCAAATTCGCCCCTCTATCCATAGGGATCGAGCCCGAGCCAACAAAGCGTGTTTCTCGGGCCGACCTACCCCAGGAGGCCCTAATGGTGAAGGAGTTTGGCTCCTTGGTGACCAAGATTAGAGACCATGGATTGGAGTGGGAGAAGAAGTGGCCTATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794636.1
MEISVVGVNGSFRLHDFVIPFQENVGAFYVNANTKFAPLSIGIEPEPTKRVSRADLPQEALMVKEFGSLVTKIRDHGLEWEKKWPIISRKTQLVVDAVKASIYKGYVAIEVVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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