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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004018

染色体: Chr02 坐标: 62476498-62479981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004018
名称SmilChr02G004018
描述probable F-actin-capping protein subunit beta
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62476498 - 62479981 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010949
GeneID131010949
locus_tag-
NCBI NameLOC131010949
原始查询SmilChr02G004018

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable F-actin-capping protein subunit beta
产物probable F-actin-capping protein subunit beta
ArabidopsisAT1G71790 (CPB)
Subunits of heterodimeric actin filament capping protein Capz superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843509]
identity=75.3; qcov=0.973; evalue=7.3e-148; confidence=high
RiceOs03g0381200
-
identity=72.5; qcov=0.973; evalue=1.04e-136; confidence=high
GOGO:0000902 (cell morphogenesis); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008290 (F-actin capping protein complex); GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051016 (barbed-end actin filament capping)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04820 (Cytoskeleton in muscle cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01115 (F_actin_cap_B)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794639.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057794639.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794639.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794639.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794639.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62476627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:62479136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:62479526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794639.1
262 aa
N
1
131
262
F_actin_cap_B
C
PF01115 F_actin_cap_B 1-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794639.1 Pfam PF01115 F_actin_cap_B Family 1 239 1.9e-94 316.5 F-actin capping protein, beta subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938656.1
AAAAGTTAAAAGTGATATATTTGCATTTCACCTCAAATAAATACCTCCCATTTTTAAAGAATTACGGAAATAGAAATTGATCCGGAAAAGGAAACGAAAGCTCGAACGCAAATATGGAGGCGGCAATGGGTTTGATGCGAAGAATTCCGCCCAAGCACTCGGAAGCTGCGCTATCTGCATTGTTAAGCCTTTTGCCGCACCACTCCGCCGATCTTCTCTCTCAAGTCGACCAACCTCTTCAGGTTTTATGTGATGTTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010949
ATGGAGGCGGCAATGGGTTTGATGCGAAGAATTCCGCCCAAGCACTCGGAAGCTGCGCTATCTGCATTGTTAAGCCTTTTGCCGCACCACTCCGCCGATCTTCTCTCTCAAGTCGACCAACCTCTTCAGGTTTTATGTGATGTTGATAGTGGGAAGGAGTTCATATTGTGCGAGTATAACAGAGATGCAGATTCTTATAGGTCACCTTGGTCAAACAAATACCATCCCCCACTAGACGACGGACTTTATCCATCTCGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794639.1
MEAAMGLMRRIPPKHSEAALSALLSLLPHHSADLLSQVDQPLQVLCDVDSGKEFILCEYNRDADSYRSPWSNKYHPPLDDGLYPSRELRKLEMEANDVFTVYCDQYYEGGTSSVYIWENEDEGFIGCFLIKKDGSRTADGRRGYLEEGSWEAIHVIEMVPLEEATARYCLTSSVMLSLTTNDESSGTFNLSGSIRRQMNMDLPVAEGHLANMGRMIEEMESKLRYSLDQVYFGKTKEMVCTLRPPSEPIQTRLPEQMNKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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