当前解析结果
SmilChr02G004018| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004018 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004018 |
| 描述 | probable F-actin-capping protein subunit beta |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 62476498 - 62479981 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010949 |
|---|---|
| GeneID | 131010949 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010949 |
| 原始查询 | SmilChr02G004018 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable F-actin-capping protein subunit beta |
| 产物 | probable F-actin-capping protein subunit beta |
| Arabidopsis | AT1G71790 (CPB)Subunits of heterodimeric actin filament capping protein Capz superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843509] identity=75.3; qcov=0.973; evalue=7.3e-148; confidence=high |
| Rice | Os03g0381200- identity=72.5; qcov=0.973; evalue=1.04e-136; confidence=high |
| GO | GO:0000902 (cell morphogenesis); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008290 (F-actin capping protein complex); GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051016 (barbed-end actin filament capping) |
| KEGG | smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04820 (Cytoskeleton in muscle cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01115 (F_actin_cap_B) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010949 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057794639.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057794639.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794639.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794639.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794639.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:62476627 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr2:62479136 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr2:62479526 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794639.1PF01115
F_actin_cap_B 1-239 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794639.1 |
Pfam | PF01115 |
F_actin_cap_B | Family | 1 | 239 | 1.9e-94 | 316.5 | F-actin capping protein, beta subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。