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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004021

染色体: Chr02 坐标: 62505841-62511511 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004021
名称SmilChr02G004021
描述GPCR-type G protein 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62505841 - 62511511 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010952
GeneID131010952
locus_tag-
NCBI NameLOC131010952
原始查询SmilChr02G004021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GPCR-type G protein 1
产物GPCR-type G protein 1
ArabidopsisAT1G64990 (GTG1)
GPCR-type G protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842807]
identity=83.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0600800 (COLD1)
-
identity=82.6; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009737 (response to abscisic acid); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF12430 (ABA_GPCR); PF12537 (GPHR_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057794642.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057794642.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057794642.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794642.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62506220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:62506334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:62507520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:62509223 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A23,B130,B137,B15,B44,B74,B86,B92,C76
Chr2:62509410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,C24,C73
Chr2:62509947 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A15,B9,C38,D11
Chr2:62509947 GT G 1bp_deletion CDS_variant 4 A15,B9,C38,D11
Chr2:62509984 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B26,C5
Chr2:62509984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C5
Chr2:62510385 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A18,B120,B125,B134,B24,B3,B36,B91,B98,C16,C27,C3,C31,C37,C44,C68,C72,C74,C8,D3,D7
Chr2:62510785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B63,B78,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794642.1
468 aa
N
1
234
468
GPHR_N
ABA_GPCR
C
PF12537 GPHR_N 143-210 aa PF12430 ABA_GPCR 286-456 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794642.1 Pfam PF12537 GPHR_N Family 143 210 1.5e-23 83.4 The Golgi pH Regulator (GPHR) Family N-terminal
XP_057794642.1 Pfam PF12430 ABA_GPCR Family 286 456 5.6e-43 147.5 Abscisic acid G-protein coupled receptor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938659.1
TAAATGGGAATTCAAATCATGAGTATCTGAGCTAACAGAAAATTCATCAGTTTGCAGAAACAAAAATAAAACTCCATCAAATCCAACTATTCCACGCACAAATGCTGTAAGCACAAATCACCAATTGCATCTCAAAATTCATGCTCGATTCATCCACAAACGCCATCTCGATTCAATTAGGGTTTTCAGTTAATTCCTGCAAATCTCACGTTGCTCGGAAGCTTCAAATTTGTCGATTGATGACCACCGCGAAATCCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010952
ATGGGGTGGGGTAGGGCGGTGTACGAGGGTGTGGTGGTGGTGGGGTCGCTGCTGCTGTTGGGATGGGGCGGCTTGTGGTTCCTGAACCGGCGGCTCTACAAGGAGTATGAGGAGAAACGGGTTTTGGTTCAGATCATATTCAGTGTTGTTTTCGCCTTCTCTTGCAATCTCTTCCAGCTTGTCCTGTTCGAGATCATTCCCATTCTTTCGAAAGAGGCGAGATGGATGAATTGGAAGGTGGATTTGTTTTGTTTGATAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794642.1
MGWGRAVYEGVVVVGSLLLLGWGGLWFLNRRLYKEYEEKRVLVQIIFSVVFAFSCNLFQLVLFEIIPILSKEARWMNWKVDLFCLIMLLVFMLPYYHCYLMLSNSGIRKERASLGAFLFLSVYLYGFWRLGIHFPMPSPDKGFFTMPQLVSRIGVIGVTVMAILSGFGAVNLPYSYLSLFIREIEETEIKGIERQLMQSIETCISKKKKIILCQMEIERKQGSEEKLNNRSFLKRIVGTVVRSVQDDQKEQDIRTLEAEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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