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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004026`

染色体: Chr02 坐标: 62536394-62540091 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004026`
名称	SmilChr02G004026
描述	polyadenylate-binding protein 5-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62536394 - 62540091 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010957`
GeneID	`131010957`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010957`
原始查询	`SmilChr02G004026`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylate-binding protein 5-like
产物	polyadenylate-binding protein 5-like
Arabidopsis	`AT1G71770` (PAB5) poly(A)-binding protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843507] identity=61; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0314800` (Cen8.t01003) - identity=58.3; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00658 (MLLE); PF13893 (RRM_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010957

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057794651.1`
2	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	1.00000	`XP_057794651.1`
3	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.80000	`XP_057794651.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057794651.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057794651.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62536959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B104,B55,D11
`Chr2:62537016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B140
`Chr2:62537034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B61,C43,C55,C65
`Chr2:62537234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B35
`Chr2:62537282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B129,B50,C23
`Chr2:62537643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:62537656`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:62537773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B61,C43,C55,C65
`Chr2:62538658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B36,C22,C58
`Chr2:62538852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:62538895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B61,C43,C55,C65
`Chr2:62539141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794651.1

644 aa

322

644

RRM_5

RRM_1

RRM_5

MLLE

PF13893 RRM_5 26-115 aa PF00076 RRM_1 39-109 aa PF00076 RRM_1 127-195 aa PF00076 RRM_1 218-286 aa PF00076 RRM_1 321-389 aa PF13893 RRM_5 323-397 aa PF00658 MLLE 564-629 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	26	115	7e-12	45.8	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	39	109	5.6e-87	286.4	RNA recognition motif
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	127	195	5.6e-87	286.4	RNA recognition motif
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	218	286	5.6e-87	286.4	RNA recognition motif
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	321	389	5.6e-87	286.4	RNA recognition motif
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	323	397	7e-12	45.8	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057794651.1`	Pfam	`PF00658`	MLLE	Domain	564	629	1.5e-27	96.1	MLLE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938668.1
AAAACACCAACAGCAACATACTTTCTTCTCCTTGAAATTTTGGTTTTTTTAGAGAGAGAAGAGAGAAGGGGATTAAATTAATCTATACGTACAGGATTCGAATGTATGTGATTCCTACATCGTAATTCTCGATTAGAGTTAGGTTTCGGCATGGCGGCGACGGCGATTCCGCCACCGGTGATGCAGGCGCAGCCGGCTGTGATGGCGGCTGCTCCGGCGGTGATCCCCGGAGCGGTTCCAGGCGCATTGTTCCCTAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010957
ATGGCGGCGACGGCGATTCCGCCACCGGTGATGCAGGCGCAGCCGGCTGTGATGGCGGCTGCTCCGGCGGTGATCCCCGGAGCGGTTCCAGGCGCATTGTTCCCTAACTCGTCGCTCTACGTCGGCGATCTGGACGCGGCGGTGGACGAGAGCAAGCTCTACGATCTGTTCAGTCAGGTGGCGCCGGTCGCCTCCGTCAGGATTTGCAGGGATCTGACGCGCCGCTCCTCGCTCGGATACGCCTATGTCAATTTCAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794651.1
MAATAIPPPVMQAQPAVMAAAPAVIPGAVPGALFPNSSLYVGDLDAAVDESKLYDLFSQVAPVASVRICRDLTRRSSLGYAYVNFNTPIDASNARDALNFTYVNGKPIRIMFSHRDPSLRKSGYANLFIKNLDQAIDTKALYDTFSAFGTVLSCKVAVDHNEHSKGYGFVQFDKEEAAQNAIKRLNGMLLNDKKVYVGTFVRRQERNRGKGSPKFTNVYVKNLAESASDESLRKMFDKFGNITSAVIMKDGNGKSKCFGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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