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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004027

染色体: Chr02 坐标: 62542073-62546421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004027
名称SmilChr02G004027
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI5
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62542073 - 62546421 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010958
GeneID131010958
locus_tag-
NCBI NameLOC131010958
原始查询SmilChr02G004027

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI5
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI5
ArabidopsisAT1G34110 (AT1G34110)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840310]
identity=72.3; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0589800
-
identity=71.5; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010958

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794652.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794652.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794652.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794652.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794652.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62542376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B140,D7
Chr2:62542382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B107,B127,B139,B140
Chr2:62542383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:62542528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B62,C7
Chr2:62542565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:62542622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr2:62543233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:62543273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr2:62543311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:62543488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr2:62543641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,B70,C24,C73
Chr2:62543764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794652.1
1079 aa
N
1
540
1079
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 24-67 aa PF00560 LRR_1 96-118 aa PF13855 LRR_8 96-155 aa PF00560 LRR_1 120-142 aa PF00560 LRR_1 144-166 aa PF00560 LRR_1 266-287 aa PF00560 LRR_1 313-333 aa PF00560 LRR_1 338-359 aa PF00560 LRR_1 386-407 aa PF00560 LRR_1 410-431 aa PF23598 LRR_14 452-678 aa PF00560 LRR_1 457-479 aa PF00560 LRR_1 481-502 aa PF00560 LRR_1 506-527 aa PF00560 LRR_1 529-551 aa PF13855 LRR_8 553-613 aa PF00560 LRR_1 554-575 aa PF00560 LRR_1 578-598 aa PF00560 LRR_1 605-624 aa PF00560 LRR_1 649-665 aa PF00069 Pkinase 779-1050 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 780-1052 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794652.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 67 3.1e-10 40.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 96 118 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 96 155 3.2e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 120 142 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 144 166 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 287 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 313 333 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 338 359 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 386 407 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 410 431 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 452 678 3.2e-42 145.2 Leucine-rich repeat region
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 457 479 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 481 502 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 506 527 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 529 551 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 553 613 3.2e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 554 575 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 578 598 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 605 624 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 649 665 4.7e-60 187.2 Leucine Rich Repeat
XP_057794652.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 779 1050 2.6e-44 152.3 Protein kinase domain
XP_057794652.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 780 1052 2.4e-42 145.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938669.1
TACAACTCAAATCTCTCCACATCCCTCCACAACAAAACCAAAAATGGCCGCCATTAGTGGTCTCCAACAATGAGCTCCTCAACACTTCTATAACTTCACTTATCCCCACCACCGCCTCCGCCGCACACGGCGGAGCTAGCTCCGGAAGAGAAATTTAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGAAAAGGAAATTACCTAGCTCATCAAACTAAACACTAAGGTTTTTATTGATATCACTTGACTTATTGCCACCCCTTCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010958
ATGGAGACTAGGGCATCACTACCTTCCCTCCTCATCCTCTCTCTCCTTGTCCACTTAACCCAGTCTCTCTCCCCCGACGGCGAAGCCCTCCTCTCCCTCCTCTCCGGCGCCGACCCCTACTACAAAAACTCCTCCCCCATCCTCTCCACATGGAACCCCACAACCCCAACCCCATGTTCATGGCAAGGCATCACATGCTCCCCTCAACAAAGAGTCATCTCCCTCTCCATCCCAAACACCTTCCTCAACCTCTCCTCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794652.1
METRASLPSLLILSLLVHLTQSLSPDGEALLSLLSGADPYYKNSSPILSTWNPTTPTPCSWQGITCSPQQRVISLSIPNTFLNLSSLPPSLSSLSSLSLLNLSTTNISGPIPPSFSSLSHLRLLDLSSNSLSGPIPPSFAALTSLQFLYLNSNKLTGAIPPPLANLSALQVLCLQDNLLNGSIPVQLGSLLSLQQLRIGGNPFLTGEIPSQLGLLTNLTTFGAAATALTGAIPPSLGNLVSLQTLALYDTEVSGAIPPEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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