Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004029`

染色体: Chr02 坐标: 62571706-62576041 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004029`
名称	SmilChr02G004029
描述	protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62571706 - 62576041 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010960`
GeneID	`131010960`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010960`
原始查询	`SmilChr02G004029`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic
产物	protein PIGMENT DEFECTIVE 338%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G71720` (PDE338) Nucleic acid-binding proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843502] identity=64.7; qcov=0.833; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0589000` - identity=61.1; qcov=0.714; evalue=6.85e-144; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0043489 (RNA stabilization)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00575 (S1); PF31157 (RLSB_S1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057794655.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057794655.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794655.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794655.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794655.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62572115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:62572139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr2:62572375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B2,C29,C47,C6
`Chr2:62573008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B35
`Chr2:62573123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,B90
`Chr2:62573695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C17
`Chr2:62573706`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B103
`Chr2:62573706`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B103
`Chr2:62573753`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B119,B39,C13,C63,C74
`Chr2:62573753`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B119,B39,C13,C63,C74
`Chr2:62575241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:62575694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794655.1

497 aa

248

497

RLSB_S1

PF31157 RLSB_S1 156-264 aa PF00575 S1 282-342 aa PF00575 S1 353-422 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794655.1`	Pfam	`PF31157`	RLSB_S1	Domain	156	264	5.7e-58	194.7	rbcL RNA S1-binding domain protein N-terminal S1 domain
`XP_057794655.1`	Pfam	`PF00575`	S1	Domain	282	342	1.9e-17	64.1	S1 RNA binding domain
`XP_057794655.1`	Pfam	`PF00575`	S1	Domain	353	422	1.9e-17	64.1	S1 RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938672.1
GAGTTAACTAAAACATATTGTGTGCACAATGCACCCACGGCGCACGAAATAAAGTCCCTACGAACGGATAAAAAGAAGCGGCAGCGAAATCCACCGTCGACTAGGTGCGCCGGATAAGCAGCGATGCCACTAGCTCACCACGCCTCTTGTCGTAACTCATCTCTCTTCAATTCATCTCCGCCCTTCACCAATCCTTCTCTCTCCGCCGCCATTTTCCCGCTCTCGTCGTTCACTTGTTCAAATTCCCGCAAAATTTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010960
ATGCCACTAGCTCACCACGCCTCTTGTCGTAACTCATCTCTCTTCAATTCATCTCCGCCCTTCACCAATCCTTCTCTCTCCGCCGCCATTTTCCCGCTCTCGTCGTTCACTTGTTCAAATTCCCGCAAAATTTTCAAATTACCAAAATTCAGACAGGCCCACGTTCCATTATGTACTAAAAATGGAGTCTTTGAGGAATTCAAGGACACCCTTTTGCCCAAAAGGGCTGAAAACGACGAAGAATCAGAAGGGCTTGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794655.1
MPLAHHASCRNSSLFNSSPPFTNPSLSAAIFPLSSFTCSNSRKIFKLPKFRQAHVPLCTKNGVFEEFKDTLLPKRAENDEESEGLELLNKPSPKQVNDVEAVEEVEVKKVDADEILAPFYKLFRPPAEEIDQNEGSIEEKMGKVAVEYYEPKQGDFVVGVVVSGNENKLDVNVGADMLGTMLTKEVLPLYDKEMGHLLCDVEKDAEEFLVHGKVGILRNDEVMGGTPIPGKPVVDVGTVLFAEVLGRTLGGRPLLSSRKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器