Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004047`

染色体: Chr02 坐标: 62793216-62796616 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004047`
名称	SmilChr02G004047
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL21
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62793216 - 62796616 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010980`
GeneID	`131010980`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010980`
原始查询	`SmilChr02G004047`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL21
产物	probable serine/threonine-protein kinase PBL21
Arabidopsis	`AT1G20650` (ASG5) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838654] identity=67.7; qcov=0.954; evalue=1.6e-180; confidence=high
Rice	`Os01g0936100` (OsRLCK55) - identity=61.1; qcov=1.03; evalue=5.34e-167; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057794685.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057794685.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794685.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794685.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794685.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62793544`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B62
`Chr2:62793544`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B62
`Chr2:62793657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C36,C77
`Chr2:62793741`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:62793946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B58,B98,C9
`Chr2:62793991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:62794045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B140,B50,C23
`Chr2:62794111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr2:62794201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B50,C23
`Chr2:62794236`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794685.1

393 aa

196

393

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 83-284 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 86-282 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794685.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	83	284	4.1e-44	151.7	Protein kinase domain
`XP_057794685.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	86	282	4.2e-45	154.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938702.1
AACACTCGTCTGAGTGCTTTTATTGCGCTGCTTTCCCCAAAAGGCCCACAATCTCTACACTCACTAAACAATTCATGGGAAAGAAAAAGATTTCATTTTTTTTAGAGCGAGAAGAGGAAGAGGGAAGGGAGATAAAGAGCAGGAATTTAACCGTTAAAGGCGGCGCTTGAAAAGGGCTGTAACGTTGGGGAGGGAGGAAAAAGAAGCTGACTTTGCTGTTAAATTCTGGGTTTTATTTGTGATGGTCAAATTTGAACGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010980
ATGGGTTGCTTTTCTTGCATAAGTCCTCCCAATAAGGATGTGAGGGATTATAACGGAGGAGATATAGACCCAAGAATCACTAATTCTTCAGTTGGTGGGAAGCGAAAGGCGAATGCCAATGGTAGTGTGAGCGTGAAGAAAGGAAGTGTTGCTAGAGCAAAGGGAAAGGATGGCAACAATCCCTCAAAGGGCAATGCTGCTCGTAGCTTCACCTTCAAGGAGCTTGCTCTGGCCACTCAGAACTTTAGGGAGGCTAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794685.1
MGCFSCISPPNKDVRDYNGGDIDPRITNSSVGGKRKANANGSVSVKKGSVARAKGKDGNNPSKGNAARSFTFKELALATQNFREANLIGEGGFGSVYKGRLESGLVVAVKQLNLEGLQGNQEFIVEVLMLSLLHHPNLVNLIGYCTDGDQRLLVYEFMQLGSLENHLFEAAQTPLSWSTRLKIAVGAARGLEYLHCKANPPVIYRDLKSSNILLDNDFNAKLSDFGLAKLGPVGDNTHVSTRVMGTYGYCAPEYAMSGKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器