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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004057

染色体: Chr02 坐标: 62878150-62882218 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004057
名称SmilChr02G004057
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62878150 - 62882218 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010987
GeneID131010987
locus_tag-
NCBI NameLOC131010987
原始查询SmilChr02G004057

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G06400 (AT5G06400)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830528]
identity=46.9; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0456100
-
identity=39.6; qcov=0.902; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794697.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794697.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794697.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794697.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62879199 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 5 A1,B117,B129,B16,B29
Chr2:62879199 A AT 1bp_insertion CDS_variant 5 A1,B117,B129,B16,B29
Chr2:62879200 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 5 A1,B117,B129,B16,B29
Chr2:62879200 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 5 A1,B117,B129,B16,B29
Chr2:62879202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B85,C56
Chr2:62879203 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B19,B85,C56
Chr2:62879203 T TTG 2bp_insertion CDS_variant 3 B19,B85,C56
Chr2:62879210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B117,B16,B29
Chr2:62879215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B117,B16,B29
Chr2:62879219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B117,B16,B29
Chr2:62879238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B117,B16,B29
Chr2:62879246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B117,B16,B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794697.1
1038 aa
N
1
519
1038
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
C
PF13041 PPR_2 240-288 aa PF01535 PPR 243-272 aa PF13812 PPR_3 263-321 aa PF01535 PPR 278-306 aa PF01535 PPR 347-375 aa PF01535 PPR 385-411 aa PF01535 PPR 417-444 aa PF01535 PPR 449-479 aa PF13812 PPR_3 470-526 aa PF13041 PPR_2 482-530 aa PF01535 PPR 487-514 aa PF01535 PPR 687-716 aa PF13812 PPR_3 706-767 aa PF01535 PPR 722-748 aa PF13041 PPR_2 722-766 aa PF01535 PPR 828-851 aa PF23276 TPR_24 859-956 aa PF01535 PPR 862-892 aa PF13812 PPR_3 887-938 aa PF13041 PPR_2 894-942 aa PF01535 PPR 898-927 aa PF13812 PPR_3 919-974 aa PF12854 PPR_1 926-956 aa PF13041 PPR_2 931-978 aa PF01535 PPR 932-961 aa PF12854 PPR_1 960-992 aa PF01535 PPR 968-997 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 240 288 3.2e-98 322.4 PPR repeat family
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 243 272 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 263 321 4.4e-46 155.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 306 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 375 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 385 411 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 417 444 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 449 479 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 470 526 4.4e-46 155.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 482 530 3.2e-98 322.4 PPR repeat family
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 487 514 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 687 716 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 706 767 4.4e-46 155.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 722 748 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 722 766 3.2e-98 322.4 PPR repeat family
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 828 851 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 859 956 4.7e-38 130.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 862 892 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 887 938 4.4e-46 155.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 894 942 3.2e-98 322.4 PPR repeat family
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 898 927 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 919 974 4.4e-46 155.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794697.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 926 956 2.4e-62 207.0 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 931 978 3.2e-98 322.4 PPR repeat family
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 932 961 2.6e-76 247.4 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 960 992 2.4e-62 207.0 PPR repeat
XP_057794697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 968 997 2.6e-76 247.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938714.1
ATGAAGAACTTATTTAAATGTGGAATTTTGAATTCGAATTCATACAAAATTTTGTCAAACTCTCAATTCCTGTCACCTCGAGTTTTTCAGCTGTTCTACATTTCGAATTTGTCATCAAATCCTCATAAAAATTCGAAGAAATTAGGCAAAAATGGTGATCTAAATAAGCCCGGGGATCCACTTTTCGATGAAATCCTCAGAATTATGGATACTGAAGGCATCGAATTTGATAGAAATTCTCCTCGTGTGTTTTCAGCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010987
ATGAAGAACTTATTTAAATGTGGAATTTTGAATTCGAATTCATACAAAATTTTGTCAAACTCTCAATTCCTGTCACCTCGAGTTTTTCAGCTGTTCTACATTTCGAATTTGTCATCAAATCCTCATAAAAATTCGAAGAAATTAGGCAAAAATGGTGATCTAAATAAGCCCGGGGATCCACTTTTCGATGAAATCCTCAGAATTATGGATACTGAAGGCATCGAATTTGATAGAAATTCTCCTCGTGTGTTTTCAGCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794697.1
MKNLFKCGILNSNSYKILSNSQFLSPRVFQLFYISNLSSNPHKNSKKLGKNGDLNKPGDPLFDEILRIMDTEGIEFDRNSPRVFSAMKDINFEGNAASLESSPCRPKGVCGNADQKKDLSFPLEDSGSRVSDEIESMEVGSIVLRVIETVRCENALLSMEERLENAGCRYSEEVVVNVLKKCFKVPHLALRFFNWVKLREGFRHTTNTFNVMINVAGEAEEFGLVEELVEEMGKTSCEKNLKTWTILVSHYGSRKCVGKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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