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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004060

染色体: Chr02 坐标: 62890608-62893958 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004060
名称SmilChr02G004060
描述F-box/kelch-repeat protein At5g42350-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62890608 - 62893958 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010993
GeneID131010993
locus_tag-
NCBI NameLOC131010993
原始查询SmilChr02G004060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein At5g42350-like
产物F-box/kelch-repeat protein At5g42350-like
ArabidopsisAT5G42350 (AT5G42350)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834241]
identity=55.6; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0555300 (OsFbox503)
-
identity=43.2; qcov=0.933; evalue=1.73e-119; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF01344 (Kelch_1); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010993

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794705.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057794705.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057794705.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794705.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794705.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62890867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr2:62890934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:62891052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B139,B97,C12
Chr2:62891098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B139,B97,C12
Chr2:62891131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,C71
Chr2:62891213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C35,C51
Chr2:62891231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:62891266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:62891281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:62891287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,C71
Chr2:62891290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:62891317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794705.1
583 aa
N
1
292
583
F-box-like
F-box
Kelch_1
C
PF12937 F-box-like 136-171 aa PF00646 F-box 137-174 aa PF01344 Kelch_1 373-405 aa
XP_057794706.1
583 aa
N
1
292
583
F-box-like
F-box
Kelch_1
C
PF12937 F-box-like 136-171 aa PF00646 F-box 137-174 aa PF01344 Kelch_1 373-405 aa
XP_057794707.1
583 aa
N
1
292
583
F-box-like
F-box
Kelch_1
C
PF12937 F-box-like 136-171 aa PF00646 F-box 137-174 aa PF01344 Kelch_1 373-405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794705.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 136 171 2.1e-07 31.3 F-box-like
XP_057794705.1 Pfam PF00646 F-box Domain 137 174 1.1e-10 41.7 F-box domain
XP_057794705.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 373 405 3.6e-13 49.5 Kelch motif
XP_057794706.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 136 171 2.1e-07 31.3 F-box-like
XP_057794706.1 Pfam PF00646 F-box Domain 137 174 1.1e-10 41.7 F-box domain
XP_057794706.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 373 405 3.6e-13 49.5 Kelch motif
XP_057794707.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 136 171 2.1e-07 31.3 F-box-like
XP_057794707.1 Pfam PF00646 F-box Domain 137 174 1.1e-10 41.7 F-box domain
XP_057794707.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 373 405 3.6e-13 49.5 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938722.1
TAAGAGAGGGAACAAATCAAGAAACCACAAAAGCCAAAAAAGAAAGAATGAAAGGGAATAATAAACATTAGATTTTCACATACCTATATATATATATGAAATGAATGAAATAAATACAAAAAATAAGTGTCACTTTCCTGCAATCATCATTCGATCAGGTTTGGTCGAGCCATCAATTTCACTTTACTGAAAGTTTTTCATTCCCAACTAACACAAAGGAAGAAAATTAAAGGGAAAAAAATTCCCATCATGTAAAATAA...
XM_057938724.1
CCAAAAAAGAAAGAATGAAAGGGAATAATAAACATTAGATTTTCACATACCTATATATATATATGAAATGAATGAAATAAATACAAAAAATAAGTGTCACTTTCCTGCAATCATCATTCGATCAGATTGGATCTAAATGGGAGAGGCTCTTTTCATTTCGGACTGAATCTTGAAATGGGCTCTGTGAGAAATGTGCTCCATTGATTTCTAAGGTCGATGAACGAGGATGAAGCTAGTGGTACCTCGATTGCTCTGAGTCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010993
ATGACCTCACAATCATTATCTGGAGAACTGATTGATCAGGAATTCGTGTCTTTAAGCGTGTCCAAACGTCTTGTTAGAAGTATGAGCCAGAAATGGAAAAGAAAGAGCAATAGAAGCGAGGGTTGTGTGGAAGATGAGACGACTGGCGTGTCTTTGAGATGTCTTACTCTTTACGGTAGAGGTGGAGGCTGCAAAGTAGGCGCTGACACGGGCGAGGAATTTGGAGAGACGGGGTGTAGGAGGCGGTCAAGTGCTAGTGA...
LOC131010993
ATGACCTCACAATCATTATCTGGAGAACTGATTGATCAGGAATTCGTGTCTTTAAGCGTGTCCAAACGTCTTGTTAGAAGTATGAGCCAGAAATGGAAAAGAAAGAGCAATAGAAGCGAGGGTTGTGTGGAAGATGAGACGACTGGCGTGTCTTTGAGATGTCTTACTCTTTACGGTAGAGGTGGAGGCTGCAAAGTAGGCGCTGACACGGGCGAGGAATTTGGAGAGACGGGGTGTAGGAGGCGGTCAAGTGCTAGTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794705.1
MTSQSLSGELIDQEFVSLSVSKRLVRSMSQKWKRKSNRSEGCVEDETTGVSLRCLTLYGRGGGCKVGADTGEEFGETGCRRRSSASDEAKGSTAICGNEEAIVDCFSYGVKEKFWRKNNQRLLKSHESQRKNSLHAHLPDDVLEMCLVRLPLRSLMNARLVCKKWRNLTTTHRFMLTRRECSFQSPWLFLFGVVKNGFCMGEIHALDVSLNEWHKIDSPSLKGRFLFSVSSIHDDIYIVGGRSSLANFGRVDRSSFKTHR...
XP_057794706.1
MTSQSLSGELIDQEFVSLSVSKRLVRSMSQKWKRKSNRSEGCVEDETTGVSLRCLTLYGRGGGCKVGADTGEEFGETGCRRRSSASDEAKGSTAICGNEEAIVDCFSYGVKEKFWRKNNQRLLKSHESQRKNSLHAHLPDDVLEMCLVRLPLRSLMNARLVCKKWRNLTTTHRFMLTRRECSFQSPWLFLFGVVKNGFCMGEIHALDVSLNEWHKIDSPSLKGRFLFSVSSIHDDIYIVGGRSSLANFGRVDRSSFKTHR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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