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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004072`

染色体: Chr02 坐标: 63005876-63007171 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004072`
名称	SmilChr02G004072
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	63005876 - 63007171 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009863`
GeneID	`131009863`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009863`
原始查询	`SmilChr02G004072`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=52.7; qcov=0.26; evalue=9.68e-33; confidence=weak
Rice	`Os06g0597250` - identity=50.9; qcov=0.993; evalue=9.04e-141; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793250.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057793250.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057793250.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793250.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793250.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:63005879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B127,B4,B54,D3
`Chr2:63005898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:63005993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:63005996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B133,D4
`Chr2:63006007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A22,B133,B85,D4
`Chr2:63006012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B57,C31
`Chr2:63006041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B81,C53,C59
`Chr2:63006043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C59
`Chr2:63006045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A22,B133,B85,D4
`Chr2:63006062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,C53,C69,C70
`Chr2:63006144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:63006153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793250.1

431 aa

216

431

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 58-96 aa PF04827 Plant_tran 165-368 aa PF13359 DDE_Tnp_4 196-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793250.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	58	96	9.6e-19	67.6	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057793250.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	165	368	7e-93	310.6	Plant transposon protein
`XP_057793250.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	196	359	2.7e-09	37.5	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937267.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCTAATTTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGCCGACGAGGTGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCACGTGGATTACTTTGATGAAAATCTGGTCTACCCCGACACCATCTTCCGCCGCCGTTTTCGAATGCGTCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009863
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCTAATTTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGCCGACGAGGTGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCACGTGGATTACTTTGATGAAAATCTGGTCTACCCCGACACCATCTTCCGCCGCCGTTTTCGAATGCGTCGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793250.1
MSSSSSSHEDERRAEEFSNFVQQFNQIVQDIGDPEEQPRRRRRGARKKAFIRRDREAGAVRLHVDYFDENLVYPDTIFRRRFRMRRALFLRIVNAVAADPYFQQRTDALGRPGFTPLQKCIVVVRMLANGGAADQYDEYLRIAESTALECLRRFSRAIIQLFDAEYLRRPTSADCQRLLAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWAWKNCPTAWQGAYTRGDQGEPTIILKAVASQDLWIWHAFFGTPGSNNDINVLNNSTLFND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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