当前解析结果
SmilChr02G004076| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004076 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004076 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 30-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 63053717 - 63055047 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011009 |
|---|---|
| GeneID | 131011009 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011009 |
| 原始查询 | SmilChr02G004076 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 30-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 30-like |
| Arabidopsis | AT2G18196 (AT2G18196)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816334] identity=45; qcov=0.879; evalue=3.45e-15; confidence=low |
| Rice | Os08g0512200 (pi55-2)- identity=60; qcov=0.989; evalue=2.61e-36; confidence=medium |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011009 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057794725.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057794725.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057794725.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794725.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794725.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:63053991 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr2:63054037 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr2:63054415 |
AGG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 34 | A11,A15,A18,A2,A3,A4,B125,B126,B14,B24,B27,B33,B52,B73,B74,B75,B81,B9,C12,C16,C2,C20,C22,C26,C29,C32,C36,C4,C42,C48,C5,C68,C86,C87 |
Chr2:63054453 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 158 | A1,A10,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B101,B102,B103,B104,B108,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B127,B128,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B45,B46,B47,B48,B5,B50,B53,B54,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B75,B76,B8,B83,B85,B86,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C1,C11,C16,C17,C18,C19,C21,C23,C24,C25,C28,C33,C35,C38,C40,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C52,C53,C56,C57,C61,C63,C64,C65,C66,C69,C7,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C84,C85,C87,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D8 |
Chr2:63054472 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 157 | A1,A10,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B101,B102,B103,B104,B108,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B127,B128,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B45,B46,B47,B48,B5,B50,B53,B54,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B75,B76,B8,B83,B85,B86,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C1,C11,C16,C17,C18,C19,C21,C23,C24,C25,C28,C33,C35,C38,C40,C44,C45,C47,C48,C49,C52,C53,C56,C57,C61,C63,C64,C65,C66,C69,C7,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C84,C85,C87,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794725.1PF00403
HMA 36-80 aa
XP_057794726.1PF00403
HMA 15-59 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794725.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 36 | 80 | 1.6e-06 | 29.1 | Heavy-metal-associated domain |
XP_057794726.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 15 | 59 | 9.7e-07 | 29.8 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。