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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004088

染色体: Chr02 坐标: 63161852-63164295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004088
名称SmilChr02G004088
描述outer envelope pore protein 21, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63161852 - 63164295 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011016
GeneID131011016
locus_tag-
NCBI NameLOC131011016
原始查询SmilChr02G004088

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope pore protein 21, chloroplastic-like
产物outer envelope pore protein 21%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G76405 (AT1G76405)
outer envelope pore 21B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843973]
identity=53.9; qcov=1; evalue=4.25e-68; confidence=high
RiceOs02g0832200 (OEP21)
-
identity=42.2; qcov=1.11; evalue=1.81e-46; confidence=medium
GOGO:0008308 (voltage-gated monoatomic anion channel activity); GO:0044070 (regulation of monoatomic anion transport)
KEGG-
PfamPF30985 (OEP21)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011016

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057794734.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057794734.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057794734.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057794734.1
5 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057794734.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63162451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:63163916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794734.1
167 aa
N
1
84
167
OEP21
C
PF30985 OEP21 3-167 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794734.1 Pfam PF30985 OEP21 Family 3 167 9.3e-81 270.8 Chloroplast outer envelope pore protein OEP21

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938751.1
ATTATAGTAAAACACTGCAAGTTCGAAATATACTTTTCCCATTGGGCTACATATTTTATTTTATTATATTGCTTGGGTTATTTTTCTATTCATTGAAATACTTTTCTTTTAACTGGAGTTGGGGAATCGTGTTTGCTTAAGGAAATTTGGCGGTATAGCAATTTAACGACGCTTAAATCCAAAACCCTCAAATTGCGATTTCCGCCATATCCATTGACATCTTCTGAGGTTTGGTAGCTGCAACCAAACCCTATTTCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011016
ATGGAAACTTCGCTTAGGTATGGTGGAGATTCCAAGTCTCTGCGAATTCACGCCAAGGAAAAAATCCCCATCTCCCCCAATTCCATCTGCCAGCTTCAAGGAGAGCTGGACACGAAGCTTGGAGCTCCTACTTTCCTGAATGGGACGATTAGATACTTCCATCCCGAGTTATCAGCTAGCCTTGGTGTGGGAGTTCGGTACAATAGACGGGATAAAGTGCACTATCACATACGTGGGAAGAAGACATTTCCAGTAACTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794734.1
METSLRYGGDSKSLRIHAKEKIPISPNSICQLQGELDTKLGAPTFLNGTIRYFHPELSASLGVGVRYNRRDKVHYHIRGKKTFPVTADGLFNFNVKGRCNIDEELKQIDYSAATEFVWSIFNVKKDQDLRIKLGYDVIDKTSYMQVRENNWTFNVDQNRRWNVRYDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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