当前解析结果
SmilChr02G004092| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004092 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004092 |
| 描述 | MLO-like protein 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 63187181 - 63190636 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011020 |
|---|---|
| GeneID | 131011020 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011020 |
| 原始查询 | SmilChr02G004092 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 9 |
| 产物 | MLO-like protein 9 |
| Arabidopsis | AT2G33670 (MLO5)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817932] identity=58; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0541000 (OsMLO4)- identity=55.6; qcov=0.817; evalue=5.12e-164; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011020 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057794737.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794737.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794737.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794737.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794737.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:63187624 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,B41 |
Chr2:63188530 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr2:63188533 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,B41 |
Chr2:63188835 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr2:63188971 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B95,C12,C14 |
Chr2:63188998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr2:63189465 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,B97 |
Chr2:63189525 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr2:63189661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr2:63189676 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C31 |
Chr2:63189676 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr2:63189847 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794737.1PF03094
Mlo 8-475 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794737.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 8 | 475 | 3e-201 | 669.7 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。